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万見
- PDB-8hml: Co-crystal structure of the C terminal DNA binding domain of Sacc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hml
タイトルCo-crystal structure of the C terminal DNA binding domain of Saccharopolyspora erythraea GlnR in complex with its conserved promoter DNA in 2.95 Angstrom resolution
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*T)-3')
  • DNA-binding response OmpR family regulator
キーワードTRANSFERASE/DNA / methylenetetrahydrofolate reductase / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding response OmpR family regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lin, W. / Xu, J.C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81903526 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the transcription activation mechanism of the global regulator GlnR from actinobacteria.
著者: Jing Shi / Zhenzhen Feng / Juncao Xu / Fangfang Li / Yuqiong Zhang / Aijia Wen / Fulin Wang / Qian Song / Lu Wang / Hong Cui / Shujuan Tong / Peiying Chen / Yejin Zhu / Guoping Zhao / Shuang ...著者: Jing Shi / Zhenzhen Feng / Juncao Xu / Fangfang Li / Yuqiong Zhang / Aijia Wen / Fulin Wang / Qian Song / Lu Wang / Hong Cui / Shujuan Tong / Peiying Chen / Yejin Zhu / Guoping Zhao / Shuang Wang / Yu Feng / Wei Lin /
要旨: In actinobacteria, an OmpR/PhoB subfamily protein called GlnR acts as an orphan response regulator and globally coordinates the expression of genes responsible for nitrogen, carbon, and phosphate ...In actinobacteria, an OmpR/PhoB subfamily protein called GlnR acts as an orphan response regulator and globally coordinates the expression of genes responsible for nitrogen, carbon, and phosphate metabolism in actinobacteria. Although many researchers have attempted to elucidate the mechanisms of GlnR-dependent transcription activation, progress is impeded by lacking of an overall structure of GlnR-dependent transcription activation complex (GlnR-TAC). Here, we report a co-crystal structure of the C-terminal DNA-binding domain of GlnR (GlnR_DBD) in complex with its regulatory -element DNA and a cryo-EM structure of GlnR-TAC which comprises RNA polymerase, GlnR, and a promoter containing four well-characterized conserved GlnR binding sites. These structures illustrate how four GlnR protomers coordinate to engage promoter DNA in a head-to-tail manner, with four N-terminal receiver domains of GlnR (GlnR-RECs) bridging GlnR_DBDs and the RNAP core enzyme. Structural analysis also unravels that GlnR-TAC is stabilized by complex protein-protein interactions between GlnR and the conserved β flap, σR4, αCTD, and αNTD domains of RNAP, which are further confirmed by our biochemical assays. Taken together, these results reveal a global transcription activation mechanism for the master regulator GlnR and other OmpR/PhoB subfamily proteins and present a unique mode of bacterial transcription regulation.
履歴
登録2022年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response OmpR family regulator
B: DNA-binding response OmpR family regulator
D: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6174
ポリマ－44,6174
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.279, 46.279, 366.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response OmpR family regulator


分子量: 16174.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 (バクテリア)
遺伝子: glnR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4FQD5
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 6111.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*T)-3')


分子量: 6155.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 (バクテリア)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Bis-tris pH6.0, 20% PEG3350 / PH範囲: 5.7-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 9134 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.76 / Χ2: 0.134 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.34-2.383.61.727940.552178.3
2.38-2.423.71.1528300.566180.7
2.42-2.473.91.7298660.546185.8
2.47-2.524.31.2338910.585187.5
2.52-2.584.61.5488990.585185.8
2.58-2.644.81.2338670.582189.2
2.64-2.74.81.0429260.677187.5
2.7-2.774.91.5339340.571191.8
2.77-2.865.11.6258840.634187.4
2.86-2.954.71.7549670.602192.7
2.95-3.055.91.5559250.702190.4
3.05-3.185.91.0679750.833193.7
3.18-3.325.50.4359730.959190.3
3.32-3.55.20.3129871.247195.8
3.5-3.715.50.3949761.026195.1
3.71-45.10.3610261.196195.5
4-4.44.40.2759741.251191.4
4.4-5.045.20.18710391.058193.9
5.04-6.356.50.15810880.998199.5
6.35-107.20.08112381.161198.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.2精密化
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→39.842 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 923 10.11 %
Rwork0.2559 --
obs0.2617 9134 86.55 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→39.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1524 812 0 15 2351
LS精密化 シェル解像度: 2.9501→3.1056 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 --
Rwork0.3559 1014 -
obs--76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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