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万見
- PDB-8hm2: Crystal structure of human ubiquitin-like protein from bacteroide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hm2
タイトルCrystal structure of human ubiquitin-like protein from bacteroides fragilis c terminal cysteine mutant
要素Putative ubiquitin
キーワードCELL CYCLE / ubiqutin like protein
機能・相同性: / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Ubiquitin
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Tong, M. / Chen, Z. / Gao, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122007 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Bacteroides fragilis ubiquitin homologue drives intraspecies bacterial competition in the gut microbiome.
著者: Jiang, K. / Li, W. / Tong, M. / Xu, J. / Chen, Z. / Yang, Y. / Zang, Y. / Jiao, X. / Liu, C. / Lim, B. / Jiang, X. / Wang, J. / Wu, D. / Wang, M. / Liu, S.J. / Shao, F. / Gao, X.
履歴
登録2022年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ubiquitin
B: Putative ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6562
ポリマ－17,6562
非ポリマー00
水2,468137
1
A: Putative ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8281
ポリマ－8,8281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8281
ポリマ－8,8281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.537, 38.537, 177.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-143-

HOH

21A-153-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative ubiquitin


分子量: 8828.024 Da / 分子数: 2 / 変異: C70V, C76G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: ubb, BF9343_3779 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L8M7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.8 / 詳細: 0.1M citric acid pH 2.8, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→29.07 Å / Num. obs: 30343 / % possible obs: 96.76 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 15.96 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.34→1.388 Å / Num. unique obs: 2397 / CC1/2: 0.697

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq


解像度: 1.34→29.07 Å / SU ML: 0.2324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.6364
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 1475 4.86 %
Rwork0.2555 28868 -
obs0.2562 30343 96.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→29.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 0 137 1356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06681687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0945192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4891487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.380.39011090.36062023X-RAY DIFFRACTION76.66
1.38-1.430.35621170.32322390X-RAY DIFFRACTION89.41
1.43-1.490.30631340.29972546X-RAY DIFFRACTION96.61
1.49-1.560.3231320.28342653X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.640.28441470.27512643X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.740.32411410.28492688X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.880.30081450.26362689X-RAY DIFFRACTION100
1.88-2.060.2991360.25552703X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.360.25711280.24092748X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.980.23831590.23832789X-RAY DIFFRACTION99.97
2.98-29.070.24381270.24172996X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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