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万見
- PDB-8hkr: Crystal Structure of Histone H3 Lysine 79 (H3K79) Methyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hkr
タイトルCrystal Structure of Histone H3 Lysine 79 (H3K79) Methyltransferase Rv2067c from Mycobacterium tuberculosis
要素Protein lysine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / SAM-binding / Class I methyltransferase / Dimerization domain
機能・相同性Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / peptidoglycan-based cell wall / methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / plasma membrane / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Uncharacterized protein Rv2067c
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dadireddy, V. / Singh, P.R. / Kalladi, S.M. / Valakunja, N. / Ramakumar, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)CRG/2019/000077 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Mycobacterium tuberculosis methyltransferase Rv2067c manipulates host epigenetic programming to promote its own survival.
著者: Singh, P.R. / Dadireddy, V. / Udupa, S. / Kalladi, S.M. / Shee, S. / Khosla, S. / Rajmani, R.S. / Singh, A. / Ramakumar, S. / Nagaraja, V.
履歴
登録2022年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lysine methyltransferase
B: Protein lysine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3926
ポリマ－92,4332
非ポリマー9594
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area32200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.150, 109.150, 216.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 18 - 405 / Label seq-ID: 21 - 408

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Protein lysine methyltransferase


分子量: 46216.645 Da / 分子数: 2 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618/H37Rv / 遺伝子: Rv2067c, MTCY49.06c / プラスミド: pMyNT
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WLL9
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 % / 解説: Rod shape
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Buffer: 0.1 M imidazole/MES acid, pH 6.5: Precipitant: 20% w/v polyethylene glycol 500* monomethyl ether + 10% w/v polyethylene glycol 20,000: Additive: 0.03 M sodium nitrate + 0.03 M sodium ...詳細: Buffer: 0.1 M imidazole/MES acid, pH 6.5: Precipitant: 20% w/v polyethylene glycol 500* monomethyl ether + 10% w/v polyethylene glycol 20,000: Additive: 0.03 M sodium nitrate + 0.03 M sodium phosphate dibasic + 0.03 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.699996 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.699996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.81 Å / Num. obs: 51986 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.383 % / Biso Wilson estimate: 71.257 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.863 / Net I/σ(I): 24.37 / Num. measured all: 1319560 / Scaling rejects: 56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.4625.6332.2231.7196971378437830.7412.268100
2.46-2.5324.9061.7822.1592002369436940.8321.819100
2.53-2.624.6721.2593.0488327358035800.9061.286100
2.6-2.6826.6140.9664.1991924345534540.9410.985100
2.68-2.7726.4490.6695.9190245341234120.9660.682100
2.77-2.8725.9530.4818.0585332328832880.9830.49100
2.87-2.9824.8110.37610.0478404316031600.9860.384100
2.98-3.125.1870.27913.0476769304830480.9940.285100
3.1-3.2426.790.19319.0779004295029490.9970.196100
3.24-3.3926.5720.13526.4774454280228020.9980.137100
3.39-3.5826.0790.10133.8569839267826780.9990.103100
3.58-3.7924.080.0840.1361333254725470.9990.082100
3.79-4.0625.5140.06847.8961437240824080.9990.07100
4.06-4.3826.0850.05855.4658508224322430.9990.059100
4.38-4.825.2350.05259.9852236207020700.9990.054100
4.8-5.3723.5540.05257.4344353188318830.9990.053100
5.37-6.224.2710.05556.3141164169616960.9990.056100
6.2-7.5925.0190.04963.24362531449144910.05100
7.59-10.7322.1880.04267.7325605115411540.9990.043100
10.73-48.8122.3840.03870.47154006986880.9990.03998.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-1.93-39.962-7.667I105.40.96
2-17.899-23.195-39.964I109.850.96
3-13.975-23.849-59.886I126.780.96
4-14.111-43.886-85.322I119.550.96
54.329-51.32-89.293I111.590.87
6-27.179-14.695-44.57I126.390.88
71.051-58.321-78.298I124.890.96
8-5.734-39.3572.069I125.130.88
9-6.535-32.62122.271I147.710.75
10-36.266-51.227-58.889I142.310.66
1113.171-32.2-6.654I130.160.61
124.94-29.42332.942I175.10.82
13-4.272-65.974-89.737I131.620.62
1411.239-31.691-21.222I111.740.38
15-20.845-71.255-87.698I168.910.8
167.748-17.0562.969I114.380.3
1714.039-23.8526.294I148.840.52
1883.31821.9619.375I128.450.6
1960.54116.90223.422I163.340.47
2054.95423.04543.281I79.20.31
2155.30518.54349.334I82.650.35
22101.22844.85832.992I100.080.39
2364.09142.9126.803I124.30.41
2444.6354.54128.099I93.020.3
2596.47517.16418.082I74.90.26
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.54 Å48.81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEJan 10, 2022 BUILT=20220820データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
CRANK22.0.253位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS1.12データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Determined using iodine SAD; experimental phasing

解像度: 2.4→48.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 14.771 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 2600 5 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2025 49385 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.34 Å2 / Biso mean: 66.041 Å2 / Biso min: 47.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6068 0 62 54 6184
Biso mean--76.99 58.14 -
残基数----762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0136298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.6388581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191.57513423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.055757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.27920.603348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8515974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4141554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.774.743049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.774.743049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7677.1043799
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11978 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 189 -
Rwork0.333 3575 -
all-3764 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08380.161-0.01921.5944-0.73411.21140.08880.1331-0.0508-0.1073-0.0210.06890.1615-0.1011-0.06770.1828-0.0417-0.02630.2079-0.01630.0098-4.790851.02689.3611
22.3296-0.8550.22751.0880.06750.63450.01780.10050.1263-0.2774-0.06150.0679-0.0919-0.05550.04360.23510.0153-0.01860.20980.02420.0572-28.115981.636464.2428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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