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万見
- PDB-8hkf: ion channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hkf
タイトルion channel
要素Potassium channel subfamily T member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sodium-activated potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / protein homotetramerization / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Potassium channel subfamily T member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Jiang, D.H. / Zhang, Z.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271272 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural basis of human Slo2.2 channel gating and modulation.
著者: Jiangtao Zhang / Shiqi Liu / Junping Fan / Rui Yan / Bo Huang / Feng Zhou / Tian Yuan / Jianke Gong / Zhuo Huang / Daohua Jiang /
要旨: The sodium-activated Slo2.2 channel is abundantly expressed in the brain, playing a critical role in regulating neuronal excitability. The Na-binding site and the underlying mechanisms of Na- ...The sodium-activated Slo2.2 channel is abundantly expressed in the brain, playing a critical role in regulating neuronal excitability. The Na-binding site and the underlying mechanisms of Na-dependent activation remain unclear. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human Slo2.2 in closed, open, and inhibitor-bound form at resolutions of 2.6-3.2 Å, revealing gating mechanisms of Slo2.2 regulation by cations and a potent inhibitor. The cytoplasmic gating ring domain of the closed Slo2.2 harbors multiple K and Zn sites, which stabilize the channel in the closed conformation. The open Slo2.2 structure reveals at least two Na-sensitive sites where Na binding induces expansion and rotation of the gating ring that opens the inner gate. Furthermore, a potent inhibitor wedges into a pocket formed by pore helix and S6 helix and blocks the pore. Together, our results provide a comprehensive structural framework for the investigation of Slo2.2 channel gating, Na sensation, and inhibition.
履歴
登録2022年11月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily T member 1
B: Potassium channel subfamily T member 1
C: Potassium channel subfamily T member 1
D: Potassium channel subfamily T member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)560,34824
ポリマ－559,4614
非ポリマー88720
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Potassium channel subfamily T member 1


分子量: 139865.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5JUK3
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ion channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68123 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00829336
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.86739808
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4693900
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0444552
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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