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万見
- PDB-8hje: Vismodegib binds to the catalytical domain of human Ubiquitin-Spe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hje
タイトルVismodegib binds to the catalytical domain of human Ubiquitin-Specific Protease 28
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28
キーワードHYDROLASE / Vismodegib / USP28 / catalytical domain / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / deubiquitinase activity / response to ionizing radiation / protein deubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / regulation of protein stability / cellular response to UV / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity ...protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / deubiquitinase activity / response to ionizing radiation / protein deubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / regulation of protein stability / cellular response to UV / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / cell population proliferation / Ub-specific processing proteases / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-specific protease UIM domain / : / UBA-like domain / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase ...: / Ubiquitin-specific protease UIM domain / : / UBA-like domain / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / UBA-like superfamily / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VIS / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Shi, L. / Wang, H. / Xu, Z. / Xiong, B. / Zhang, N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977105 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778061 中国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-based discovery of potent USP28 inhibitors derived from Vismodegib.
著者: Zhou, D. / Xu, Z. / Huang, Y. / Wang, H. / Zhu, X. / Zhang, W. / Song, W. / Gao, T. / Liu, T. / Wang, M. / Shi, L. / Zhang, N. / Xiong, B.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8542
ポリマ－44,4331
非ポリマー4211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.099, 105.099, 327.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28 / Deubiquitinating enzyme 28 / Ubiquitin thioesterase 28 / Ubiquitin-specific-processing protease 28


分子量: 44432.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein is expressed as an insert deletion, and the catalytical domain of Ubiquitin-Specific protease 28 is linked by a flexible GSGSGS linker
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP28, KIAA1515 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: Q96RU2, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物 ChemComp-VIS / 2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide / ビスモデギブ


分子量: 421.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14Cl2N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1 M Bis-tris propane pH 6.4, 0.2 M potassium thiocyanate, 20% PEG3350 and 3% sucrose

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→43.85 Å / Num. obs: 16695 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.76
反射 シェル解像度: 2.851→2.953 Å / Num. unique obs: 1629 / CC1/2: 0.902

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.16精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 11.84 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25429 825 4.9 %RANDOM
Rwork0.22206 ---
obs0.22372 15881 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.58 Å20.79 Å2-0 Å2
2--1.58 Å2-0 Å2
3----5.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 27 0 2438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122496
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.6333376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2551.5774968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9465302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52522.426136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12715360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1671514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.1847.4121236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.1667.4121235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.84311.081528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.84611.0821529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6587.4991260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6567.51261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.60711.1211849
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.99881.6752724
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.99681.6672725
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.851→2.925 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 42 -
Rwork0.322 1170 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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