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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8his | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of DNA decamer containing GuNA[Me,tBu] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / OLIGONUCLEOTIDE / MODIFIED BASE | 機能・相同性 | CACODYLIC ACID / DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() Aoyama, H. / Obika, S. / Yamaguchi, T. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Mechanism of the extremely high duplex-forming ability of oligonucleotides modified with N-tert-butylguanidine- or N-tert-butyl-N'- methylguanidine-bridged nucleic acids. 著者: Yamaguchi, T. / Horie, N. / Aoyama, H. / Kumagai, S. / Obika, S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hu5C ![]() 8i50C ![]() 1i5wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3184.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-CAD / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 0.012M Spermine tetrahydrochloride, 0.080M Potassium chloride, 0.020M Barium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→20.13 Å / Num. obs: 6474 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 55.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.07 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Num. measured all: 1890 / Num. unique obs: 294 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I) obs: 43.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1I5W 解像度: 2.01→20.13 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→20.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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