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万見
- PDB-8his: Crystal structure of DNA decamer containing GuNA[Me,tBu] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8his
タイトルCrystal structure of DNA decamer containing GuNA[Me,tBu]
要素DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(LR6)P*AP*CP*GP*C)-3')
キーワードDNA / OLIGONUCLEOTIDE / MODIFIED BASE
機能・相同性CACODYLIC ACID / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Aoyama, H. / Obika, S. / Yamaguchi, T.
資金援助 日本, 8件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05748 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06511 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101084 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0301004 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)19am0401003 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae0121022 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae0121023 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ae012102 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Mechanism of the extremely high duplex-forming ability of oligonucleotides modified with N-tert-butylguanidine- or N-tert-butyl-N'- methylguanidine-bridged nucleic acids.
著者: Yamaguchi, T. / Horie, N. / Aoyama, H. / Kumagai, S. / Obika, S.
履歴
登録2022年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(LR6)P*AP*CP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(LR6)P*AP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5063
ポリマ－6,3682
非ポリマー1381
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area3880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.070, 44.360, 45.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(LR6)P*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3184.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.040M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 0.012M Spermine tetrahydrochloride, 0.080M Potassium chloride, 0.020M Barium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→20.13 Å / Num. obs: 6474 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 55.1
反射 シェル解像度: 2.01→2.07 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Num. measured all: 1890 / Num. unique obs: 294 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I) obs: 43.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.01 Å20.13 Å
Translation2.01 Å20.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I5W

1i5w


解像度: 2.01→20.13 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 664 10.26 %
Rwork0.1778 --
obs0.1831 6474 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→20.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 424 5 91 520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.911740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.172208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.160.2571240.19991157X-RAY DIFFRACTION99
2.16-2.380.26161290.20411167X-RAY DIFFRACTION99
2.38-2.720.25031400.21671171X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.430.24831360.17931149X-RAY DIFFRACTION100
3.43-20.130.17621350.141166X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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