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万見
- PDB-8hic: Crystal structure of UrtA from Prochlorococcus marinus str. MIT 9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hic
タイトルCrystal structure of UrtA from Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 in complex with urea and calcium
要素Putative urea ABC transporter, substrate binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / Complex / Urea / UrtA
機能・相同性Urea ABC transporter, substrate-binding protein UrtA-like / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / UREA / Putative urea ABC transporter, substrate binding protein
機能・相同性情報
生物種Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Wang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)2018YFC1406700 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural and molecular basis for urea recognition by Prochlorococcus.
著者: Wang, C. / Zhu, W.J. / Ding, H.T. / Liu, N.H. / Cao, H.Y. / Suo, C.L. / Liu, Z.K. / Zhang, Y. / Sun, M.L. / Fu, H.H. / Li, C.Y. / Chen, X.L. / Zhang, Y.Z. / Wang, P.
履歴
登録2022年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative urea ABC transporter, substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8726
ポリマ－45,6521
非ポリマー2205
水12,016667
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.700, 47.612, 71.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Putative urea ABC transporter, substrate binding protein


分子量: 45651.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 (バクテリア)
遺伝子: urtA, PMT_2229 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V3V9
#2: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.16 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 16% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 836660 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 11.46 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 17.99
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Num. unique obs: 836660 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.196 / Rrim(I) all: 0.471

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PEA

1pea


解像度: 1.6→25.82 Å / SU ML: 0.1357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.7807
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1891 2682 4.93 %
Rwork0.1593 51705 -
obs0.1608 54387 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3071 0 8 667 3746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00553149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83034270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0603418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.19091350.16642545X-RAY DIFFRACTION93.94
1.63-1.660.19561420.16352705X-RAY DIFFRACTION99.75
1.66-1.690.2041550.16742697X-RAY DIFFRACTION99.82
1.69-1.730.20071250.17512704X-RAY DIFFRACTION99.61
1.73-1.770.19751410.17312727X-RAY DIFFRACTION99.58
1.77-1.810.19131340.16112686X-RAY DIFFRACTION99.44
1.81-1.860.19271470.15982707X-RAY DIFFRACTION99.3
1.86-1.920.21181530.17112725X-RAY DIFFRACTION99.76
1.92-1.980.21371310.15812728X-RAY DIFFRACTION99.93
1.98-2.050.1781420.15982754X-RAY DIFFRACTION99.55
2.05-2.130.1711320.15482702X-RAY DIFFRACTION99.68
2.13-2.230.18621450.15782729X-RAY DIFFRACTION99.55
2.23-2.350.2091580.17272730X-RAY DIFFRACTION99.41
2.35-2.490.21341240.16212790X-RAY DIFFRACTION99.86
2.49-2.690.21931330.16622765X-RAY DIFFRACTION99.69
2.69-2.960.20561690.16742716X-RAY DIFFRACTION98.9
2.96-3.380.16881410.15752742X-RAY DIFFRACTION97.7
3.38-4.260.1611290.13692764X-RAY DIFFRACTION97.28
4.26-25.820.171460.15532789X-RAY DIFFRACTION93.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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