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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hgu | ||||||
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タイトル | Epoxide hydrolase from Bosea sp. PAMC 26642 | ||||||
要素 | Alpha/beta hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
生物種 | Bosea sp. PAMC 26642 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, M.J. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the distinct substrate preferences of two bacterial epoxide hydrolases. 著者: Hwang, J. / Lee, M.J. / Lee, S.G. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hgu.cif.gz | 250 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hgu.ent.gz | 197.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hgu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hgu_validation.pdf.gz | 439.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hgu_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hgu_validation.xml.gz | 45.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hgu_validation.cif.gz | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33256.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bosea sp. PAMC 26642 (バクテリア) 遺伝子: AXW83_17570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 % |
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結晶化 | 温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1 M Ammonium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 8 % w/v PGA (Na+ form, LM) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 101095 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 29.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / Num. unique obs: 4384 / % possible all: 85.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EHY 解像度: 1.94→30.2 Å / SU ML: 0.1886 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 19.951 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→30.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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