+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hgu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Epoxide hydrolase from Bosea sp. PAMC 26642 | ||||||
Components | Alpha/beta hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Biological species | Bosea sp. PAMC 26642 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.94 Å | ||||||
Authors | Lee, M.J. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2024 Title: Structural insights into the distinct substrate preferences of two bacterial epoxide hydrolases. Authors: Hwang, J. / Lee, M.J. / Lee, S.G. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hgu.cif.gz | 250 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8hgu.ent.gz | 197.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8hgu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8hgu_validation.pdf.gz | 439.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8hgu_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | Display | |
Data in XML | 8hgu_validation.xml.gz | 45.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8hgu_validation.cif.gz | 67.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgu | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 33256.266 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bosea sp. PAMC 26642 (bacteria) / Gene: AXW83_17570 / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1 M Ammonium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 8 % w/v PGA (Na+ form, LM) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 27, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.94→50 Å / Num. obs: 101095 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 29.96 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / Num. unique obs: 4384 / % possible all: 85.3 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1EHY Resolution: 1.94→30.2 Å / SU ML: 0.1886 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / Phase error: 19.951 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.94→30.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|