+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hgu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Epoxide hydrolase from Bosea sp. PAMC 26642 | ||||||
![]() | Alpha/beta hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, M.J. / Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the distinct substrate preferences of two bacterial epoxide hydrolases. Authors: Hwang, J. / Lee, M.J. / Lee, S.G. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 250 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 197.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 441.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 33256.266 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.36 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1 M Ammonium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 8 % w/v PGA (Na+ form, LM) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 27, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.94→50 Å / Num. obs: 101095 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 29.96 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / Num. unique obs: 4384 / % possible all: 85.3 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1EHY Resolution: 1.94→30.2 Å / SU ML: 0.1886 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / Phase error: 19.951 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.94→30.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|