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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hgn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MeaC (Mesaconyl-CoA hydratase) | ||||||
![]() | Beta-methylmalyl-CoA dehydratase | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | Thiol ester hydratase, Rv0216, predicted / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily / D-MALATE / MaoC domain protein dehydratase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahn, J.W. / Hong, J. / Kim, K.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Mesaconyl-CoA Hydratase from Methylorubrum extorquens CM4. 著者: Ahn, J.W. / Hong, J. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4e3eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38851.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CM4 / NCIMB 13688 / 遺伝子: Mchl_4075 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MLT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20%(w/v) PEG3350, 0.2M DL-Malic acid (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 23337 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4E3E 解像度: 1.95→32.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.759 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.885 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→32.12 Å
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拘束条件 |
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