PDB-8hgd: Crystal structure of the CYP153A mutant V456A from Marinobacter a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hgd

タイトル

Crystal structure of the CYP153A mutant V456A from Marinobacter aquaeolei

要素

Cytochrome P450

シトクロムP450

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYP153A

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

monooxygenase activity / iron ion binding /

heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinobacter nauticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Jiang, Y. / Cong, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the CYP153A mutant V456A from Marinobacter aquaeolei
著者: Jiang, Y. / Cong, Z.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hgd.cif.gz	115.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hgd.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fygS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.150, 103.369, 52.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 / シトクロムP450 分子量: 55250.988 Da / 分子数: 1 / 変異: V456A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinobacter nauticus (バクテリア) 遺伝子: DET51_1164 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A368UNN3
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル / メタノール分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES 7.0, 26% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 65017 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 0.932 / Net I/σ(I): 23.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Χ²	% possible all
1.53-1.56	2.6	0.219	3133	0.916	0.719	96.1
1.56-1.58	2.7	0.195	3241	0.936	0.753	98.8
1.58-1.62	2.9	0.18	3222	0.949	0.806	99.3
1.62-1.65	3	0.168	3270	0.956	0.896	99.9
1.65-1.68	3.4	0.16	3243	0.967	0.971	99.9
1.68-1.72	3.2	0.148	3254	0.963	1.035	100
1.72-1.77	3.4	0.137	3294	0.968	1.166	99.8
1.77-1.81	3.4	0.116	3238	0.978	1.102	99.7
1.81-1.87	3.3	0.105	3271	0.979	1.123	99.8
1.87-1.93	3.2	0.091	3242	0.982	1.156	99.7
1.93-2	3.4	0.086	3252	0.985	1.181	99.3
2-2.08	3.3	0.074	3254	0.988	1.201	99.5
2.08-2.17	3.4	0.065	3243	0.991	1.096	99.6
2.17-2.29	3.4	0.06	3248	0.992	1.081	99.3
2.29-2.43	3.2	0.053	3267	0.993	0.974	99.7
2.43-2.62	3.4	0.049	3286	0.994	0.903	99.9
2.62-2.88	3.5	0.044	3252	0.995	0.798	99.9
2.88-3.3	3.4	0.037	3266	0.996	0.646	99.2
3.3-4.15	3.4	0.03	3244	0.997	0.521	98.4
4.15-50	3.3	0.027	3297	0.997	0.374	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX	1.18.2	位相決定
PDB_EXTRACT	4	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FYG

5fyg

解像度: 1.53→31.38 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	1997	3.12 %
R_work	0.1692	-	-
obs	0.1697	64008	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→31.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3277	0	51	531	3859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	4661
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.171	1266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.57	0.2385	121	0.218	3652	X-RAY DIFFRACTION	81
1.57-1.61	0.2157	135	0.1874	4224	X-RAY DIFFRACTION	94
1.61-1.66	0.2106	145	0.1817	4466	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.71	0.1936	144	0.1772	4537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.77	0.1949	146	0.1792	4507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.84	0.2007	148	0.1749	4517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.93	0.1785	144	0.171	4511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.03	0.1808	147	0.1725	4492	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.16	0.1826	143	0.1664	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.32	0.206	143	0.1645	4536	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.56	0.2035	150	0.1738	4497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.93	0.1944	144	0.1722	4540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.69	0.1568	144	0.1656	4508	X-RAY DIFFRACTION	99
3.69-31.38	0.1636	143	0.1536	4529	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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