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万見
- PDB-8hga: Monomer structure of transforming growth factor beta induced prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hga
タイトルMonomer structure of transforming growth factor beta induced protein (TGFBIp) G623R fibril
要素Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
キーワードPROTEIN FIBRIL / Pathological fibrils / TGFBI related corneal dystrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix ...negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix / trans-Golgi network / integrin binding / : / angiogenesis / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TGF beta-induced protein/periostin / EMI domain / EMI domain profile. / : / Fasciclin domain / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / FAS1/BIgH3 domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / molecular dynamics
データ登録者Low, J.Y.K. / Pervushin, K.
資金援助 シンガポール, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2019-T3-1-012 シンガポール
Ministry of Education (MoE, Singapore)RG28/19 シンガポール
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Release of frustration drives corneal amyloid disaggregation by brain chaperone.
著者: Jia Yi Kimberly Low / Xiangyan Shi / Venkatraman Anandalakshmi / Dawn Neo / Gary Swee Lim Peh / Siew Kwan Koh / Lei Zhou / M K Abdul Rahim / Ketti Boo / JiaXuan Lee / Harini Mohanram / Reema ...著者: Jia Yi Kimberly Low / Xiangyan Shi / Venkatraman Anandalakshmi / Dawn Neo / Gary Swee Lim Peh / Siew Kwan Koh / Lei Zhou / M K Abdul Rahim / Ketti Boo / JiaXuan Lee / Harini Mohanram / Reema Alag / Yuguang Mu / Jodhbir S Mehta / Konstantin Pervushin /
要旨: TGFBI-related corneal dystrophy (CD) is characterized by the accumulation of insoluble protein deposits in the corneal tissues, eventually leading to progressive corneal opacity. Here we show that ...TGFBI-related corneal dystrophy (CD) is characterized by the accumulation of insoluble protein deposits in the corneal tissues, eventually leading to progressive corneal opacity. Here we show that ATP-independent amyloid-β chaperone L-PGDS can effectively disaggregate corneal amyloids in surgically excised human cornea of TGFBI-CD patients and release trapped amyloid hallmark proteins. Since the mechanism of amyloid disassembly by ATP-independent chaperones is unknown, we reconstructed atomic models of the amyloids self-assembled from TGFBIp-derived peptides and their complex with L-PGDS using cryo-EM and NMR. We show that L-PGDS specifically recognizes structurally frustrated regions in the amyloids and releases those frustrations. The released free energy increases the chaperone's binding affinity to amyloids, resulting in local restructuring and breakage of amyloids to protofibrils. Our mechanistic model provides insights into the alternative source of energy utilized by ATP-independent disaggregases and highlights the possibility of using these chaperones as treatment strategies for different types of amyloid-related diseases.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
C: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
D: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1924
ポリマ－10,1924
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2090 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10880 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 / Beta ig-h3 / Kerato-epithelin / RGD-containing collagen-associated protein / RGD-CAP


分子量: 2547.922 Da / 分子数: 4 / 変異: G623R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBI, BIGH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15582

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic1NCA
171anisotropic1NCO
131anisotropic1DARR
141anisotropic1NCACX
151anisotropic1NCOCX
161anisotropic1CANCO

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試料調製

詳細タイプ: fiber
内容: 10 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] TGFBIp G623R, ethanol/water
Label: 15_13C_sample / 溶媒系: ethanol/water
試料濃度: 10 mg/mL / 構成要素: TGFBIp G623R / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 286 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospinデータ解析
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
GROMACSPaul Bauer, Berk Hess, Erik Lindahl精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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