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万見
- PDB-8hg3: Cryo-EM structure of the Lhcp complex from Ostreococcus tauri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hg3
タイトルCryo-EM structure of the Lhcp complex from Ostreococcus tauri
要素Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex / Light-harvesting / Photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / Chem-IWJ / Chlorophyll c2 / Chem-NEX / Chem-Q6L / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Shan, J. / Sheng, X. / Ishii, A. / Watanabe, A. / Song, C. / Murata, K. / Minagawa, J. / Liu, Z.
資金援助 日本, 中国, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H04778 and 21H05040 日本
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 and YSBR-015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The photosystem I supercomplex from a primordial green alga harbors three light-harvesting complex trimers.
著者: Asako Ishii / Jianyu Shan / Xin Sheng / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Makio Yokono / Chiyo Noda / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa /
要旨: As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in ...As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in photosynthesis. Here, we report the structure and function of the photosystem I (PSI) supercomplex in low light conditions, where it expands its photon-absorbing capacity by assembling with the light-harvesting complexes I (LHCI) and a prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp). The architecture of the supercomplex exhibits hybrid features of the plant-type and the green algal-type PSI supercomplexes, consisting of a PSI core, an Lhca1-Lhca4-Lhca2-Lhca3 belt attached on one side and an Lhca5-Lhca6 heterodimer associated on the other side between PsaG and PsaH. Interestingly, nine Lhcp subunits, including one Lhcp1 monomer with a phosphorylated amino-terminal threonine and eight Lhcp2 monomers, oligomerize into three trimers and associate with PSI on the third side between Lhca6 and PsaK. The Lhcp1 phosphorylation and the light-harvesting capacity of PSI were subjected to reversible photoacclimation, suggesting that the formation of PSI-LHCI-Lhcp supercomplex is likely due to a phosphorylation-dependent mechanism induced by changes in light intensity. Notably, this supercomplex did not exhibit far-red peaks in the 77 K fluorescence spectra, which is possibly due to the weak coupling of the chlorophyll 603-609 pair in Lhca1-4.
履歴
登録2022年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
T: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
U: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,61065
ポリマ－74,0693
非ポリマー48,54062
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 STU

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 24689.807 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ostreococcus tauri (植物) / 遺伝子: OT_ostta16g00450 / 発現宿主: Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q3B9U7

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非ポリマー , 6種, 62分子

#2: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#3: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#4: 化合物 ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5
#5: 化合物
ChemComp-Q6L / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol


分子量: 570.887 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H58O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#7: 化合物
ChemComp-IWJ / (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one / Prasinoxanthin


分子量: 600.870 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Prasinophyte-specific Lhc protein (Lhcp) complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物) / 株: OTH95 / 細胞内の位置: thylakoid membrane / Organelle: chloroplast
由来(組換発現)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 25mM MES-NaOH,pH 6.5 1% A8-35
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidMES1
21 %Amiphipol 8-35A8-351
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample is
試料支持詳細: none / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K / 詳細: Vitrification carried out in air atmosphere

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.1.0粒子像選択
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
画像処理詳細: The selected images were aligned by the beam-induced motion
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 5288217
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80573 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.017954
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.57511574
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.0651424
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.075897
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0111512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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