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- PDB-8hfa: The structure of chitin deacetylase VdPDA1 from Verticillium dahliae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hfa
タイトルThe structure of chitin deacetylase VdPDA1 from Verticillium dahliae
要素NodB homology domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Chitin deacetylase / Plant pathogenic fungi / Virulence factor
機能・相同性NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / NodB homology domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Verticillium dahliae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Liu, L. / Zhou, Y. / Yang, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32001938 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Inhibition of chitin deacetylases to attenuate plant fungal diseases.
著者: Liu, L. / Xia, Y. / Li, Y. / Zhou, Y. / Su, X. / Yan, X. / Wang, Y. / Liu, W. / Cheng, H. / Wang, Y. / Yang, Q.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NodB homology domain-containing protein
B: NodB homology domain-containing protein
C: NodB homology domain-containing protein
D: NodB homology domain-containing protein
E: NodB homology domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,39310
ポリマ－144,0665
非ポリマー3275
水11,656647
1
A: NodB homology domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8792
ポリマ－28,8131
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
2
B: NodB homology domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8792
ポリマ－28,8131
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
3
C: NodB homology domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8792
ポリマ－28,8131
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
4
D: NodB homology domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8792
ポリマ－28,8131
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area9140 Å2
手法PISA
5
E: NodB homology domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8792
ポリマ－28,8131
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area9060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.617, 125.899, 127.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質
NodB homology domain-containing protein / chitin deacetylase / polysaccharide deacetylase


分子量: 28813.236 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Verticillium dahliae (菌類) / 遺伝子: VD0003_g2480 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A2J8E0S3, chitin deacetylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.1M Sodium malonate, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 65718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 25.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 3227

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2iw0

2iw0


解像度: 2.64→37.36 Å / SU ML: 0.2377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.9411
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1996 3.05 %
Rwork0.1924 63548 -
obs0.1934 65544 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→37.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8545 0 5 647 9197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00788775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.988111925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05551300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1073220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.70.28051280.23313969X-RAY DIFFRACTION87.86
2.7-2.770.28641430.21964517X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.860.23831410.2034529X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.950.25231440.20724538X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.050.24871390.21054526X-RAY DIFFRACTION99.98
3.05-3.180.24451440.22644553X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.320.23351390.19414562X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.50.22141480.19054543X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.710.20051390.18464578X-RAY DIFFRACTION100
3.71-40.22321470.17754571X-RAY DIFFRACTION100
4-4.40.20151450.16474594X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.040.20641450.16244622X-RAY DIFFRACTION100
5.04-6.340.21391470.19384680X-RAY DIFFRACTION99.98
6.34-37.360.22991470.20684766X-RAY DIFFRACTION98.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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