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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hf3 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human ZDHHC9/GCP16 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / plamitoytransferase / palmitoylation / DHHC / RAS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 palmitoyltransferase complex / Ras palmitoyltransferase activity / peptidyl-L-cysteine S-palmitoylation / protein S-acyltransferase / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / palmitoyltransferase activity / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack ...palmitoyltransferase complex / Ras palmitoyltransferase activity / peptidyl-L-cysteine S-palmitoylation / protein S-acyltransferase / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / palmitoyltransferase activity / Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack / positive regulation by host of viral process / protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RAS processing / MAPK cascade / tertiary granule lumen / Maturation of spike protein / protein stabilization / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, J. / Hu, Q. / Zhang, Y. / Liu, S. / Yang, A. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Regulation of RAS palmitoyltransferases by accessory proteins and palmitoylation. 著者: Anlan Yang / Shengjie Liu / Yuqi Zhang / Jia Chen / Yujing Fan / Fengxiang Wang / Yilong Zou / Shan Feng / Jianping Wu / Qi Hu / 要旨: Palmitoylation of cysteine residues at the C-terminal hypervariable regions in human HRAS and NRAS, which is necessary for RAS signaling, is catalyzed by the acyltransferase DHHC9 in complex with its ...Palmitoylation of cysteine residues at the C-terminal hypervariable regions in human HRAS and NRAS, which is necessary for RAS signaling, is catalyzed by the acyltransferase DHHC9 in complex with its accessory protein GCP16. The molecular basis for the acyltransferase activity and the regulation of DHHC9 by GCP16 is not clear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the human DHHC9-GCP16 complex and its yeast counterpart-the Erf2-Erf4 complex, demonstrating that GCP16 and Erf4 are not directly involved in the catalytic process but stabilize the architecture of DHHC9 and Erf2, respectively. We found that a phospholipid binding to an arginine-rich region of DHHC9 and palmitoylation on three residues (C24, C25 and C288) were essential for the catalytic activity of the DHHC9-GCP16 complex. Moreover, we showed that GCP16 also formed complexes with DHHC14 and DHHC18 to catalyze RAS palmitoylation. These findings provide insights into the regulatory mechanism of RAS palmitoyltransferases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hf3.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hf3.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hf3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hf3_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hf3_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hf3_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hf3_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hf3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34711MC 8hfcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41954.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ZDHHC9, CXorf11, ZDHHC10, ZNF379, ZNF380, CGI-89, UNQ261/PRO298 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y397, protein S-acyltransferase | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16803.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOLGA7, GCP16, HDCKB03P, HSPC041 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z5G4 | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PLM / #5: 化合物 | ChemComp-PX2 / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human ZDHHC9/GCP16 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 236435 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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