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万見
- PDB-8hex: C5 portal vertex in HCMV B-capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hex
タイトルC5 portal vertex in HCMV B-capsid
要素
  • (Capsid vertex component ...) x 2
  • (Triplex capsid protein ...) x 2
  • (portal protein) x 3
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
キーワードVIRAL PROTEIN / B-capsid / C5 portal vertex / in-situ structure / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral genome packaging / viral capsid assembly / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Small capsid protein, Herpesviridae / Small capsid protein of Herpesviridae / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein ...Small capsid protein, Herpesviridae / Small capsid protein of Herpesviridae / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / UL77 protein / Capsid vertex component 1 / Small capsomere-interacting protein / Capsid triplex subunit 2 / Capsid triplex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Li, Z. / Yu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900869 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron microscopy structures of capsids and in situ portals of DNA-devoid capsids of human cytomegalovirus.
著者: Zhihai Li / Jingjing Pang / Rongchao Gao / Qingxia Wang / Maoyan Zhang / Xuekui Yu /
要旨: The portal-scaffold complex is believed to nucleate the assembly of herpesvirus procapsids. During capsid maturation, two events occur: scaffold expulsion and DNA incorporation. The portal-scaffold ...The portal-scaffold complex is believed to nucleate the assembly of herpesvirus procapsids. During capsid maturation, two events occur: scaffold expulsion and DNA incorporation. The portal-scaffold interaction and the conformational changes that occur to the portal during the different stages of capsid formation have yet to be elucidated structurally. Here we present high-resolution structures of the A- and B-capsids and in-situ portals of human cytomegalovirus. We show that scaffolds bind to the hydrophobic cavities formed by the dimerization and Johnson-fold domains of the major capsid proteins. We further show that 12 loop-helix-loop fragments-presumably from the scaffold domain-insert into the hydrophobic pocket of the portal crown domain. The portal also undergoes significant changes both positionally and conformationally as it accompanies DNA packaging. These findings unravel the mechanism by which the portal interacts with the scaffold to nucleate capsid assembly and further our understanding of scaffold expulsion and DNA incorporation.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
h: Triplex capsid protein 2
I: Triplex capsid protein 2
n: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 1
M: Capsid vertex component 1
N: Capsid vertex component 2
O: Capsid vertex component 2
R: Small capsomere-interacting protein
S: Small capsomere-interacting protein
i: Small capsomere-interacting protein
j: Small capsomere-interacting protein
a: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
Y: Major capsid protein
Z: Major capsid protein
A: portal protein
E: portal protein
F: portal protein
G: portal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,383,67323
ポリマ－1,383,67323
非ポリマー00
水00
1
h: Triplex capsid protein 2
I: Triplex capsid protein 2
n: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 1
m: Triplex capsid protein 1
M: Capsid vertex component 1
N: Capsid vertex component 2
O: Capsid vertex component 2
R: Small capsomere-interacting protein
S: Small capsomere-interacting protein
i: Small capsomere-interacting protein
j: Small capsomere-interacting protein
a: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
Y: Major capsid protein
Z: Major capsid protein
A: portal protein
E: portal protein
F: portal protein
G: portal protein
x 5


  • complete point assembly
  • 根拠: microscopy
  • 6.92 MDa, 115 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,918,364115
ポリマ－6,918,364115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称))

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要素

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Triplex capsid protein ... , 2種, 6分子 hInogm

#1: タンパク質
Triplex capsid protein 2


分子量: 34635.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q6RXF2
#2: タンパク質 Triplex capsid protein 1


分子量: 33071.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q6RXH2

-
Capsid vertex component ... , 2種, 3分子 MNO

#3: タンパク質 Capsid vertex component 1 / UL93


分子量: 68567.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: A0A6C0PJD3
#4: タンパク質 Capsid vertex component 2 / UL77


分子量: 71269.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: A0A3G6XKK5

-
タンパク質 , 2種, 10分子 RSijaBCDYZ

#5: タンパク質
Small capsomere-interacting protein


分子量: 8495.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: A8T7C4
#6: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 154048.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: A0A1U8QPG3

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タンパク質・ペプチド , 3種, 4分子 AEFG

#7: タンパク質・ペプチド portal protein


分子量: 3592.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
#8: タンパク質・ペプチド portal protein


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
#9: タンパク質・ペプチド portal protein


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human betaherpesvirus 5 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26181 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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