PDB-8hew: Potato 14-3-3 St14f

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hew

タイトル

Potato 14-3-3 St14f

要素

14-3-3 protein
StFDL1 peptide

キーワード

PROTEIN BINDING / 14-3-3

機能・相同性

機能・相同性情報

signal transduction / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum tuberosum (ジャガイモ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Taoka, K. / Kawahara, I. / Shinya, S. / Harada, K. / Muranaka, T. / Furuita, K. / Nakagawa, A. / Fujiwara, T. / Tsuji, H. / Kojima, C.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Plant J. / 年: 2022
タイトル: Multifunctional chemical inhibitors of the florigen activation complex discovered by structure-based high-throughput screening.
著者: Taoka, K.I. / Kawahara, I. / Shinya, S. / Harada, K.I. / Yamashita, E. / Shimatani, Z. / Furuita, K. / Muranaka, T. / Oyama, T. / Terada, R. / Nakagawa, A. / Fujiwara, T. / Tsuji, H. / Kojima, C.

履歴

登録	2022年11月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hew.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hew.ent.gz	43.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hew_validation.pdf.gz	443 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hew_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	8hew_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	8hew_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8hew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8hew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o9cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (8)

登録構造単位

A: 14-3-3 protein

B: StFDL1 peptide

27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 14-3-3 protein

B: StFDL1 peptide

A: 14-3-3 protein

B: StFDL1 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.628, 121.628, 69.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	14-3-3 protein / 14f protein 分子量: 26517.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: 30G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93785
#2: タンパク質・ペプチド	StFDL1 peptide 分子量: 859.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Solanum tuberosum (ジャガイモ)
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% (w/ v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 0.2M ammonium tartrate, pH 7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 18669 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 1.62 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 131010

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.59-2.63	5.9	0.561	887	0.867	0.245	0.615	0.969	96.4
2.63-2.68	6.6	0.486	918	0.895	0.2	0.528	0.96	99.4
2.68-2.73	6.6	0.445	899	0.914	0.183	0.483	0.929	100
2.73-2.79	6.7	0.374	948	0.929	0.152	0.405	0.967	100
2.79-2.85	6.8	0.331	921	0.941	0.134	0.358	0.941	100
2.85-2.92	6.9	0.306	938	0.96	0.124	0.331	0.979	99.8
2.92-2.99	7.1	0.268	906	0.96	0.106	0.289	0.979	100
2.99-3.07	7.2	0.23	936	0.973	0.091	0.248	1.145	100
3.07-3.16	7.2	0.215	939	0.975	0.085	0.232	1.206	100
3.16-3.26	7.3	0.182	923	0.98	0.071	0.196	1.217	100
3.26-3.38	7.3	0.15	927	0.985	0.059	0.162	1.364	100
3.38-3.51	7.3	0.126	945	0.989	0.05	0.136	1.718	100
3.51-3.67	7.3	0.111	946	0.992	0.043	0.119	1.88	100
3.67-3.87	7.3	0.099	923	0.993	0.039	0.107	2.248	99.9
3.87-4.11	7.2	0.082	944	0.995	0.032	0.089	2.548	100
4.11-4.43	7.2	0.076	937	0.996	0.029	0.081	2.893	100
4.43-4.87	7.2	0.072	945	0.997	0.027	0.077	2.919	100
4.87-5.58	7.3	0.069	949	0.997	0.026	0.074	2.471	99.6
5.58-7.02	7.3	0.056	962	0.998	0.022	0.061	1.797	98.9
7.02-50	6.8	0.036	976	0.999	0.015	0.039	1.709	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1O9C

1o9c

解像度: 2.59→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2653	-	-	RANDOM
R_work	0.2432	-	-	-
obs	-	18669	99.5 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1881	0	0	0	1881

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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