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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8her | ||||||
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タイトル | Solution structure of the periplasmic domain of RsgI6 from Clostridium thermocellum | ||||||
![]() | (Anti-sigma factor) x 2 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / ANTI-SIGMA FACTOR / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Chen, C. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Essential autoproteolysis of bacterial anti-sigma factor RsgI for transmembrane signal transduction. 著者: Chen, C. / Dong, S. / Yu, Z. / Qiao, Y. / Li, J. / Ding, X. / Li, R. / Lin, J. / Bayer, E.A. / Liu, Y.J. / Cui, Q. / Feng, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 901 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 619.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 63.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hdjC ![]() 8hepC ![]() 8heqC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1158.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rsgI6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18660.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rsgI6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RsgI6-PD, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.02 % w/v DSS, 100% D2O Label: sample1 / 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM / Label: condition1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |