+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hep | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of the periplasmic domain of the anti-sigma factor RsgI1 from Clostridium thermocellum | ||||||
要素 | (Anti-sigma factor) x 2 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / ANTI-SIGMA FACTOR / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Chen, C. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Essential autoproteolysis of bacterial anti-sigma factor RsgI for transmembrane signal transduction. 著者: Chen, C. / Dong, S. / Yu, Z. / Qiao, Y. / Li, J. / Ding, X. / Li, R. / Lin, J. / Bayer, E.A. / Liu, Y.J. / Cui, Q. / Feng, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hep.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8hep.ent.gz | 923.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hep_validation.pdf.gz | 423 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8hep_full_validation.pdf.gz | 625 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hep_validation.xml.gz | 64.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hep_validation.cif.gz | 88.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8hep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8hep | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hdjC 8heqC 8herC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1190.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) 遺伝子: rsgI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H6SHX8 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 19081.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) 遺伝子: rsgI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H6SHX8 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RsgI1-PD, 0.02 % w/v DSS, 100% D2O Label: sample1 / 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 200 mM / Label: condition1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |