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- PDB-8heo: Crystal structure of SIAH1 SBD bound to Axin2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8heo
タイトルCrystal structure of SIAH1 SBD bound to Axin2 peptide
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
  • Peptide from Axin-2
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / SIAH1 / Axin2 / Wnt pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mismatch repair / regulation of chondrocyte development / : / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / secondary heart field specification / maintenance of DNA repeat elements / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / osteoblast proliferation / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Netrin-1 signaling ...regulation of mismatch repair / regulation of chondrocyte development / : / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / secondary heart field specification / maintenance of DNA repeat elements / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / osteoblast proliferation / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Netrin-1 signaling / cell development / mitral valve morphogenesis / intramembranous ossification / negative regulation of osteoblast proliferation / regulation of extracellular matrix organization / beta-catenin destruction complex / I-SMAD binding / mRNA stabilization / ubiquitin conjugating enzyme binding / odontogenesis / aortic valve morphogenesis / bone mineralization / anatomical structure morphogenesis / somitogenesis / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to dexamethasone stimulus / stem cell proliferation / axon guidance / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein catabolic process / Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / osteoblast differentiation / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / positive regulation of protein phosphorylation / Amyloid fiber formation / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / enzyme binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain ...E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / Axin beta-catenin binding / Axin-1/2, tankyrase-binding domain / Axin-like / Axin beta-catenin binding motif / Axin-1 tankyrase binding domain / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G protein signaling domain / TRAF-like / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1 / Axin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Yan, X.X. / Tian, L.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SIAH1 SBD bound to Axin2 peptide
著者: Yan, X.X. / Tian, L.F.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
B: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
G: Peptide from Axin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2487
ポリマ－45,9873
非ポリマー2624
水36020
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9543
ポリマ－21,8231
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
G: Peptide from Axin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2954
ポリマ－24,1642
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.818, 87.932, 59.698
Angle α, β, γ (deg.)90, 101.573, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1 / RING-type E3 ubiquitin transferase SIAH1 / Seven in absentia homolog 1 / Siah-1 / Siah-1a


分子量: 21822.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIAH1, HUMSIAH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IUQ4, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Axin-2 / Axin-like protein / Axil / Axis inhibition protein 2 / Conductin


分子量: 2340.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AXIN2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2T1
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-tris propane pH 8.0, 24% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→29.58 Å / Num. obs: 13846 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 2.22
反射 シェル解像度: 2.53→2.59 Å / Num. unique obs: 943 / CC1/2: 0.953

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WZZ

5wzz


解像度: 2.53→29.2 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.207 ---
obs-13846 99.9 %-
Rfree---0.263
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3025 0 4 20 3049

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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