PDB-8hdj: Periplasmic domain of RsgI2 of Clostridium thermocellum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hdj

タイトル

Periplasmic domain of RsgI2 of Clostridium thermocellum

要素

Anti-sigma-I factor RsgI2
Periplasmic domain of RsgI2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / anti-sigmaI

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulose binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Chen, C. / Dong, S. / Feng, Y.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Essential autoproteolysis of bacterial anti-sigma factor RsgI for transmembrane signal transduction.
著者: Chen, C. / Dong, S. / Yu, Z. / Qiao, Y. / Li, J. / Ding, X. / Li, R. / Lin, J. / Bayer, E.A. / Liu, Y.J. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2022年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hdj.cif.gz	376.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hdj.ent.gz	316 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hdj_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hdj_full_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示
XML形式データ	8hdj_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	8hdj_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8hepC 8heqC 8herC 6ivs 6ivu C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Periplasmic domain of RsgI2

B: Anti-sigma-I factor RsgI2

C: Periplasmic domain of RsgI2

D: Anti-sigma-I factor RsgI2

E: Periplasmic domain of RsgI2

F: Anti-sigma-I factor RsgI2

G: Periplasmic domain of RsgI2

H: Anti-sigma-I factor RsgI2

76.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Periplasmic domain of RsgI2

B: Anti-sigma-I factor RsgI2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Periplasmic domain of RsgI2

D: Anti-sigma-I factor RsgI2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Periplasmic domain of RsgI2

F: Anti-sigma-I factor RsgI2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Periplasmic domain of RsgI2

H: Anti-sigma-I factor RsgI2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.090, 101.530, 86.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.930, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-110- HOH
2	1	C-104- HOH
3	1	D-333- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain C
3	1	(chain E and resid 88 through 97)
4	1	(chain G and resid 88 through 97)
1	2	(chain B and (resid 98 through 131 or resid 133...
2	2	(chain D and (resid 98 through 129 or (resid 130...
3	2	(chain F and (resid 98 through 129 or (resid 130...
4	2	(chain H and (resid 98 through 129 or (resid 130...

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質・ペプチド	Periplasmic domain of RsgI2 分子量: 1516.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質	Anti-sigma-I factor RsgI2 分子量: 17625.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for DSM 1313 is not available in Uniprot at the time of biocuration. Current sequence reference is from uniprot id A3DC27. 由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DC27
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.1

反射

解像度: 1.85→24.84 Å / Num. obs: 54750 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 169195 / Scaling rejects: 85

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.85-1.89	2.7	0.266	9078	3371	0.836	0.197	0.333	3.4	99.6
9.06-24.84	2.9	0.099	1074	373	0.963	0.067	0.12	13.9	76.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AFDB:A3DC27F1

解像度: 1.85→24.35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	2078	3.8 %
R_work	0.2188	52701	-
obs	0.2222	54748	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.7 Å² / B_iso mean: 27.5182 Å² / B_iso min: 7.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→24.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4980	0	0	481	5461
B_iso mean	-	-	-	38.94	-
残基数	-	-	-	-	652

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	180	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL
1	2	C	180	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL
1	3	E	180	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL
1	4	G	180	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL
2	1	B	2789	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL
2	2	D	2789	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL
2	3	F	2789	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL
2	4	H	2789	X-RAY DIFFRACTION	10.964	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8505-1.8968	0.322	157	0.303	3727	96
1.8968-1.9481	0.3071	131	0.2897	3754	96
1.9481-2.0054	0.2798	143	0.2667	3766	96
2.0054-2.0701	0.2566	143	0.2569	3770	96
2.0701-2.144	0.263	137	0.2564	3769	96
2.144-2.2298	0.2573	154	0.2526	3768	96
2.2298-2.3312	0.3003	136	0.2464	3798	96
2.3312-2.454	0.2536	148	0.2461	3744	96
2.454-2.6076	0.2193	142	0.2423	3789	96
2.6076-2.8086	0.2231	145	0.2251	3726	95
2.8086-3.0908	0.2368	137	0.2216	3792	96
3.0908-3.5369	0.2292	140	0.2059	3755	96
3.5369-4.4516	0.1963	152	0.1734	3792	96
4.4516-24.35	0.226	140	0.1902	3751	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5817	0.2863	0.3844	2.4149	0.0837	3.2834	-0.1512	-0.1641	-0.0371	0.1088	0.2127	0.0573	0.0411	0.1116	0.0322	0.1002	0.0119	0.0106	0.1506	0.0008	0.1318	33.3954	20.8853	18.3681
2	2.086	-0.0021	-0.0403	2.3399	0.7328	3.2703	0.0805	-0.1116	0.3313	-0.0012	-0.0184	0.0027	-0.1213	-0.1716	0.0812	0.0847	0.0023	-0.0026	0.1671	-0.0033	0.1153	28.1944	23.5046	19.1046
3	1.3236	-0.6115	-0.8357	1.7897	0.706	2.327	-0.0467	0.4208	-0.068	-0.283	-0.1394	0.2337	0.0631	-0.6552	0.0593	0.1652	-0.0251	-0.0029	0.3403	0.0222	0.1349	23.8096	17.5656	11.2875
4	2.5838	-1.8434	2.083	6.8961	-3.5925	3.2185	0.1306	0.9549	-0.1884	-0.6509	-0.5498	-0.6265	-0.3068	0.54	0.0305	0.4909	-0.226	0.3122	0.4216	-0.132	0.2095	32.4673	8.0823	3.9269
5	2.8527	0.1835	-0.5915	2.8258	0.5833	1.3587	-0.0047	-0.2668	0.0474	0.2441	0.0065	-0.1333	0.4346	-0.1153	-0.0152	0.1686	-0.0312	-0.0263	0.1576	-0.0002	0.1063	33.4384	12.4699	22.2239
6	2.6992	-0.1758	-0.8049	1.0556	0.2556	1.6487	0.0031	-0.0964	0.208	0.1524	0.1445	-0.1748	-0.0228	0.1563	-0.0717	0.1255	-0.0561	0.0159	0.1328	-0.0241	0.1389	43.6244	20.689	16.0862
7	1.5957	-0.253	-0.3115	1.1974	-0.1379	1.3969	-0.1306	0.1205	-0.1593	-0.0324	0.1538	-0.243	-0.038	-0.0528	-0.0426	0.1589	-0.0064	-0.017	0.2095	-0.0344	0.1456	48.5556	13.4815	9.5051
8	1.7342	-0.0677	0.6544	2.8364	-0.944	4.8769	0.1123	-0.0758	-0.0827	-0.1075	0.0634	0.2898	-0.0606	0.4943	0.1398	0.0549	0.0069	0.0355	0.2154	-0.0282	0.1812	37.0018	-26.2479	17.9921
9	2.5027	-0.5232	1.1901	1.9067	-0.5985	4.4845	0.1419	0.0246	-0.2485	0.0352	0.0545	0.0281	0.1529	0.1024	-0.1329	0.1012	0.008	0.0067	0.2267	0.0032	0.135	42.2916	-28.7056	18.9287
10	2.5359	-0.9099	-0.37	2.0065	-0.2057	2.5193	0.0356	0.5597	0.0184	-0.2893	-0.1477	-0.2116	-0.163	0.7553	0.0412	0.1711	-0.0461	0.0242	0.3829	-0.006	0.1543	45.004	-20.7522	10.1705
11	3.1978	0.5596	1.1338	0.9758	-0.7882	2.2308	-0.007	-0.0727	-0.1786	0.0963	0.0939	0.0451	-0.0725	-0.046	-0.0272	0.1272	-0.0254	0.044	0.1318	-0.0178	0.121	30.8732	-22.7923	18.3838
12	2.5669	-1.0417	-1.0039	1.7036	0.3737	2.1782	-0.046	0.1967	0.1098	0.0622	0.0569	0.2145	0.0468	0.0311	-0.0703	0.151	0.0111	0.0256	0.1903	0.0072	0.1391	21.9299	-18.932	10.1119
13	2.6715	0.0812	1.1619	2.1557	-0.6311	4.5093	-0.1356	-0.0463	0.4087	0.0795	-0.1312	0.1397	0.3323	-0.4315	0.1618	0.1582	0.0005	0.0284	0.092	-0.0088	0.1546	8.5137	-1.5642	24.9205
14	1.8899	0.0841	1.0289	2.1962	0.0061	2.6974	0.0187	-0.1235	0.0655	-0.3054	0.1709	0.1443	-0.0549	-0.226	-0.0976	0.1171	0.011	-0.0052	0.1614	-0.0052	0.1095	7.2788	3.474	24.5512
15	1.2217	-1.1653	-0.2123	2.38	-0.4091	3.2944	-0.0834	-0.1902	0.2448	0.1742	-0.0952	-0.1569	-0.6227	-0.0589	0.1351	0.1771	-0.0221	-0.0085	0.1685	-0.0162	0.1417	13.8839	7.3639	31.8459
16	1.1528	0.4776	-1.0047	2.6041	0.9966	1.6873	-0.1108	-0.1138	-0.2776	-0.0447	0.2265	-0.1967	-0.4383	0.3597	-0.0829	0.1457	0.0019	0.0452	0.1653	-0.0024	0.136	16.3885	-4.5758	29.8854
17	2.3624	0.6667	1.5535	2.0572	1.2232	3.4751	0.0781	0.4617	-0.1444	-0.511	0.0354	-0.5899	-0.1644	0.4457	0.0676	0.2091	-0.0259	0.0843	0.1728	0.0185	0.1763	19.9117	-1.699	19.2335
18	1.2075	0.7703	-0.6282	1.5201	-0.5687	2.9881	0.0909	-0.1452	-0.0129	-0.2218	-0.0666	0.0475	0.0762	-0.4041	0.0047	0.1419	0.0018	0.0331	0.1983	-0.0034	0.134	7.6743	-9.6154	26.2128
19	2.0143	-0.0338	1.1101	4.3696	-0.2736	1.5243	0.0035	0.057	-0.1885	0.0173	0.2788	0.0717	0.4165	-0.1553	-0.1652	0.1438	-0.0505	0.0188	0.1505	-0.0156	0.1003	9.2743	-17.8199	29.8353
20	1.4236	0.49	0.5978	2.1685	1.5543	1.1473	0.2292	-0.4204	-0.2434	0.5837	-0.2291	0.0401	0.3043	-0.5589	-0.0128	0.2107	-0.0339	0.0338	0.1983	0.035	0.1495	8.1588	-15.9878	39.1133
21	1.2395	-0.0154	0.2221	1.8078	-0.5821	1.6169	-0.0169	-0.4758	-0.2081	0.2432	0.1473	-0.2346	0.0338	0.0098	-0.0695	0.1715	0.0098	0.0208	0.1434	-0.0083	0.1374	17.1549	-14.5164	37.1244
22	4.55	-2.2236	0.0452	1.9512	0.3093	3.4553	0.2468	-0.4244	-0.3715	0.4606	0.3572	-0.1761	-0.3163	-0.0839	1.4895	0.1337	0.1281	0.2384	0.199	-0.1785	0.1768	23.2615	-16.5083	24.4969
23	1.9127	-0.2311	0.038	2.0615	0.6759	2.8981	0.0154	0.0674	0.2458	-0.1791	0.032	-0.3018	-0.3152	0.23	0.1007	0.1823	0.0112	0.0145	0.0782	-0.0225	0.1369	62.2248	-4.1863	24.5473
24	2.1216	-0.3322	-0.5667	2.0379	0.1807	3.1794	-0.0058	-0.0314	-0.0539	-0.2405	0.0753	-0.2473	0.2782	0.2426	0.0193	0.1565	0.0238	0.0286	0.1559	0.0014	0.1254	63.2904	-8.7992	24.6476
25	1.174	-0.7485	0.3738	1.9097	0.3246	3.1492	-0.2155	-0.0448	-0.1877	0.1936	-0.0463	0.0923	0.5706	0.1795	0.2136	0.2322	-0.0218	0.0563	0.1278	0.0177	0.1454	56.7197	-12.7491	32.0172
26	2.4542	-1.2032	2.717	0.9666	-1.547	3.107	0.0511	-0.922	0.7907	0.3348	-0.1471	0.0557	-0.1511	-0.9906	0.085	0.1661	0.1035	0.0508	0.5266	-0.1544	0.2483	48.1876	-2.5097	39.4323
27	4.1747	0.6343	0.5727	2.4964	-0.2227	2.7771	-0.0108	-0.2596	-0.0988	-0.7471	-0.2979	-0.0315	0.0612	0.1133	-0.4014	0.3028	0.0399	0.0282	0.0436	0.0391	0.094	58.5679	0.6469	22.0907
28	3.1824	-0.2465	-1.5289	3.8259	-1.6652	5.052	-0.0408	0.2632	0.0529	-0.76	-0.3638	0.372	0.3851	-0.7532	-0.084	0.2325	-0.059	-0.028	0.1769	-0.0363	0.1419	50.7487	-3.68	19.0486
29	2.0763	0.3239	0.5129	2.1986	1.1821	2.4785	0.0641	-0.1858	0.3052	-0.3253	0.0161	-0.1101	-0.2698	0.3698	0.0203	0.1254	-0.0023	0.0264	0.1972	0.0344	0.1432	62.8449	4.2777	26.2328
30	2.1086	-0.0767	-0.6778	4.5468	0.8084	1.6553	0.0555	0.1315	0.279	-0.117	0.1476	-0.158	-0.3006	-0.0401	-0.1795	0.1645	-0.0306	0.0171	0.1644	0.0154	0.1364	61.2742	12.4382	29.9104
31	1.8621	-0.936	-0.2249	2.4011	-1.1247	1.5088	-0.1546	-0.3198	0.2502	0.4599	0.1554	-0.1574	-0.3332	0.1288	-0.0234	0.2374	-0.0095	-0.0221	0.1226	-0.0214	0.1447	59.4177	10.1901	38.5265
32	1.896	0.0738	-0.1034	0.0177	-0.1561	0.8492	0.5173	0.1441	0.4132	0.4904	-0.2153	-0.1791	0.4236	-0.2366	-0.167	0.2762	-0.0392	-0.0443	0.1683	-0.0093	0.3695	46.2517	10.1275	23.0972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 88 through 97 )	A	88 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 98 through 117 )	B	98 - 117
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 118 through 148 )	B	118 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 149 through 156 )	B	149 - 156
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 157 through 192 )	B	157 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 193 through 227 )	B	193 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 228 through 258 )	B	228 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 88 through 97 )	C	88 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 98 through 117 )	D	98 - 117
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 118 through 156 )	D	118 - 156
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 157 through 227 )	D	157 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 228 through 259 )	D	228 - 259
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 87 through 97 )	E	87 - 97
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 98 through 117 )	F	98 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 118 through 148 )	F	118 - 148
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 149 through 175 )	F	149 - 175
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 176 through 192 )	F	176 - 192
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 193 through 215 )	F	193 - 215
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 216 through 228 )	F	216 - 228
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 229 through 241 )	F	229 - 241
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 242 through 248 )	F	242 - 248
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 249 through 258 )	F	249 - 258
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 87 through 97 )	G	87 - 97
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 98 through 117 )	H	98 - 117
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resid 118 through 148 )	H	118 - 148
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'H' and (resid 149 through 156 )	H	149 - 156
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'H' and (resid 157 through 175 )	H	157 - 175
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resid 176 through 192 )	H	176 - 192
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid 193 through 215 )	H	193 - 215
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resid 216 through 228 )	H	216 - 228
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resid 229 through 248 )	H	229 - 248
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 249 through 259 )	H	249 - 259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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