+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hdj | ||||||
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Title | Periplasmic domain of RsgI2 of Clostridium thermocellum | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / anti-sigmaI | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellulose binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Chen, C. / Dong, S. / Feng, Y.G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2023 Title: Essential autoproteolysis of bacterial anti-sigma factor RsgI for transmembrane signal transduction. Authors: Chen, C. / Dong, S. / Yu, Z. / Qiao, Y. / Li, J. / Ding, X. / Li, R. / Lin, J. / Bayer, E.A. / Liu, Y.J. / Cui, Q. / Feng, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hdj.cif.gz | 376.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8hdj.ent.gz | 316 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8hdj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8hdj_validation.pdf.gz | 462.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8hdj_full_validation.pdf.gz | 465.3 KB | Display | |
Data in XML | 8hdj_validation.xml.gz | 28.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8hdj_validation.cif.gz | 42 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8hepC 8heqC 8herC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 1516.564 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (bacteria) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Protein | Mass: 17625.961 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Sequence reference for DSM 1313 is not available in Uniprot at the time of biocuration. Current sequence reference is from uniprot id A3DC27. Source: (gene. exp.) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (bacteria) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A3DC27 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→24.84 Å / Num. obs: 54750 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 169195 / Scaling rejects: 85 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AFDB:A3DC27F1 Resolution: 1.85→24.35 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / Phase error: 25.6 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.7 Å2 / Biso mean: 27.5182 Å2 / Biso min: 7.83 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→24.35 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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