PDB-8hdg: Small peptide enhances the binding of nutline-3a to MdmX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hdg

タイトル

Small peptide enhances the binding of nutline-3a to MdmX

要素

Uncharacterized protein DKFZp686B01123

キーワード

ONCOPROTEIN / MdmX / p53 / Nutlin-3a / Enhancement

機能・相同性

cellular component organization / MDM4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Chem-NUT / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / Uncharacterized protein DKFZp686B01123

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Cheng, X.Y. / Huang, Y. / Wei, Q.Y. / Huang, J.J. / Peng, Y.W. / Su, Z.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small peptide enhances the binding of nutline-3a to MdmX
著者: Cheng, X.Y. / Huang, Y. / Wei, Q.Y. / Huang, J.J. / Peng, Y.W. / Su, Z.D.

履歴

登録	2022年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hdg.cif.gz	175.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hdg.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hdg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c3yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (5) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

A: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

C: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

B: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

ヘテロ分子

54.3 kDa, 4 ポリマー
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1

D: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Uncharacterized protein DKFZp686B01123

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.844, 47.879, 92.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.053, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	D
2	1	D
3	2	D
4	2	D
5	3	D
6	3	D
7	4	D
8	4	D
9	5	D
10	5	D
11	6	D
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: D / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 12 - 109 / Label seq-ID: 12 - 109

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Uncharacterized protein DKFZp686B01123 分子量: 12734.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686B01123 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6MZR7
#2: 化合物	ChemComp-NUT / 4-({(4S,5R)-4,5-bis(4-chlorophenyl)-2-[4-methoxy-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl}carbonyl)piperazin-2-one / Nutlin 3a / ヌトリン3a 分子量: 581.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₀Cl₂N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 分子量: 264.315 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% v/v Tacsimate pH7.0, 0.1 M HEPES pH7.5, 2% v/v Polythylene glycol 200 PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→47.844 Å / Num. obs: 43877 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.9 % / R_merge(I) obs: 1.256 / Num. measured all: 12710 / Num. unique obs: 639 / CC_1/2: 0.84 / R_pim(I) all: 0.287 / R_rim(I) all: 1.289 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	REFMAC5	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C3Y

7c3y

解像度: 1.73→47.844 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 2.727 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	2302	5.246 %
R_work	0.2045	41575	-
all	0.206	-	-
obs	-	43877	99.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.386 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.403 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.789 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→47.844 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3140	0	232	111	3483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.016	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	1.656	4635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.559	7475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.9	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.793	10	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.152	10	151
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.2	717
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.289	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.731	2.474	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.716	2.469	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.106	3.679	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.105	3.682	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.825	3.064	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.824	3.064	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.07	4.419	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.069	4.419	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.494	38.574	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.499	38.212	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.07	0.05	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.075	0.05	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.077	0.05	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.085	0.05	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.087	0.05	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.089	0.05	2964

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0705	0.0501
1	2	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0705	0.0501
2	3	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07458	0.0501
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07458	0.0501
3	5	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07691	0.0501
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07691	0.0501
4	7	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08461	0.0501
4	8	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08461	0.0501
5	9	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08672	0.0501
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08672	0.0501
6	11	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08927	0.0501
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08927	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.775	0.284	146	0.273	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.9375
1.775-1.823	0.321	165	0.261	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.9047
1.823-1.876	0.346	112	0.258	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.9674
1.876-1.934	0.275	97	0.224	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.9661
1.934-1.997	0.282	185	0.209	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.9656
1.997-2.067	0.31	142	0.219	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.9636
2.067-2.145	0.212	182	0.194	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.145-2.232	0.253	192	0.203	2381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.331	0.207	127	0.195	2399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.331-2.445	0.267	135	0.216	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.445-2.577	0.288	151	0.202	2103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.577-2.733	0.267	107	0.206	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.733-2.921	0.237	117	0.209	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.921-3.154	0.288	84	0.205	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
3.154-3.453	0.205	75	0.192	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.453-3.858	0.165	61	0.165	1507	X-RAY DIFFRACTION	99.8726
3.858-4.45	0.182	82	0.169	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-5.439	0.189	65	0.18	1130	X-RAY DIFFRACTION	99.8329
5.439-7.642	0.375	51	0.241	869	X-RAY DIFFRACTION	99.675
7.642-47.844	0.199	25	0.216	528	X-RAY DIFFRACTION	99.6396

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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