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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hcy | ||||||
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タイトル | Legionella glycosyltransferase | ||||||
要素 | Dot/Icm secretion system substrate | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / glucosyltransferase / upd-glucose | ||||||
機能・相同性 | Glycosyltransferase family 88 / Glycosyltransferase family 88 / Dot/Icm secretion system substrate 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Legionella (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, T.T. / Ouyang, S.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Small Struct / 年: 2023 タイトル: Structural Basis for the Action Mechanism of Legionella Glycosyltransferase. 著者: Chen, T.T. / Zheng, S.R. / Tian, L. / Lv, S.L. / Zhong, W.H. / Li, X.L. / Zhang, D.D. / Zheng, X.X. / Ouyang, S.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hcy.cif.gz | 836.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hcy.ent.gz | 648 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hcy_validation.pdf.gz | 482.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hcy_full_validation.pdf.gz | 513.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hcy_validation.xml.gz | 71.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hcy_validation.cif.gz | 99.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hcy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xgvSC 7xgxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98615.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Legionella (バクテリア) / 遺伝子: C3927_06670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F8W2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.96 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→29.31 Å / Num. obs: 71942 / % possible obs: 95.51 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 28.23 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.64→2.73 Å / Num. unique obs: 68773 / CC1/2: 0.314 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7XGV 解像度: 2.64→29.31 Å / SU ML: 0.2921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 27.563 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.64→29.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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