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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hcr | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis cytochrome bcc:aa3 supercomplex and a novel inhibitor targeting subunit cytochrome cI | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cytochrome bcc:aa3 oxidase / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreduction-driven active transmembrane transporter activity / aerobic electron transport chain / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 酸化的リン酸化 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / respirasome / electron transport coupled proton transport ...oxidoreduction-driven active transmembrane transporter activity / aerobic electron transport chain / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 酸化的リン酸化 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / respirasome / electron transport coupled proton transport / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||
データ登録者 | Mathiyazakan, V. / Gruber, G. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Antimicrob Agents Chemother / 年: 2023 タイトル: Cryo-Electron Microscopy Structure of the s Cytochrome : Supercomplex and a Novel Inhibitor Targeting Subunit Cytochrome I. 著者: Vikneswaran Mathiyazakan / Chui-Fann Wong / Amaravadhi Harikishore / Kevin Pethe / Gerhard Grüber / 要旨: The mycobacterial cytochrome complex deserves the name "supercomplex" since it combines three cytochrome oxidases-cytochrome , cytochrome , and cytochrome -into one supramolecular machine and ...The mycobacterial cytochrome complex deserves the name "supercomplex" since it combines three cytochrome oxidases-cytochrome , cytochrome , and cytochrome -into one supramolecular machine and performs electron transfer for the reduction of oxygen to water and proton transport to generate the proton motive force for ATP synthesis. Thus, the complex represents a valid drug target for Mycobacterium tuberculosis infections. The production and purification of an entire M. tuberculosis cytochrome are fundamental for biochemical and structural characterization of this supercomplex, paving the way for new inhibitor targets and molecules. Here, we produced and purified the entire and active M. tuberculosis cyt- oxidase, as demonstrated by the different heme spectra and an oxygen consumption assay. The resolved M. tuberculosis cyt- cryo-electron microscopy structure reveals a dimer with its functional domains involved in electron, proton, oxygen transfer, and oxygen reduction. The structure shows the two cytochrome III head domains of the dimer, the counterpart of the soluble mitochondrial cytochrome , in a so-called "closed state," in which electrons are translocated from the to the domain. The structural and mechanistic insights provided the basis for a virtual screening campaign that identified a potent M. tuberculosis cyt- inhibitor, cyt1. cyt1 targets the mycobacterium-specific α3-helix of cytochrome I and interferes with oxygen consumption by interrupting electron translocation via the III head. The successful identification of a new cyt- inhibitor demonstrates the potential of a structure-mechanism-based approach for novel compound development. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hcr.cif.gz | 863 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hcr.ent.gz | 702.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hcr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hcr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34664MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 AMHTJV
#1: タンパク質 | 分子量: 46976.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 遺伝子: aioB, qcrA, ERS007663_00404, ERS007670_01335, ERS007679_00448, ERS007681_03213, ERS007703_01913, ERS007720_01586, ERS007722_02477, ERS007741_02707, SAMEA2683035_01305 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 参照: UniProt: A0A045GW18 #7: タンパク質 | 分子量: 14874.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 遺伝子: RN06_2699 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 参照: UniProt: A0A0K2HXG0, シトクロムcオキシダーゼ #9: タンパク質 | 分子量: 15982.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 遺伝子: K60_025630 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 参照: UniProt: A0A7U4BVZ0 |
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-Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 BNCO
#2: タンパク質 | 分子量: 63925.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 遺伝子: RN06_2696 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 参照: UniProt: A0A0K2HYC0, quinol-cytochrome-c reductase #3: タンパク質 | 分子量: 29170.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 遺伝子: qcrC, Rv2194, MTCY190.05 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 参照: UniProt: P9WP35, quinol-cytochrome-c reductase |
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-CYTOCHROME AA3 SUBUNIT ... , 2種, 4分子 EQIU
#4: タンパク質 | 分子量: 40535.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) #8: タンパク質 | 分子量: 8408.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) |
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-Probable cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 FRGS
#5: タンパク質 | 分子量: 63722.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 遺伝子: ctaD, Rv3043c, MTV012.58c 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 参照: UniProt: P9WP71, シトクロムcオキシダーゼ #6: タンパク質 | 分子量: 22435.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 遺伝子: ctaE, Rv2193, MTCY190.04 発現宿主: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) 参照: UniProt: P9WP67, シトクロムcオキシダーゼ |
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-非ポリマー , 4種, 14分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-HEM / #12: 化合物 | ChemComp-HEC / #13: 化合物 | ChemComp-HEA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 電子線トモグラフィー法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cytochrome bcc:aa3 supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 粒子像の数: 100 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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