PDB-8hch: Crystal structure of mTREX1-Uridine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hch

タイトル

Crystal structure of mTREX1-Uridine complex

要素

Three-prime repair exonuclease 1

キーワード

HYDROLASE / TREX1 / DEDDh exonuclease / DNase / RNase / Uridine

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / WW domain binding / regulation of fatty acid metabolic process / heart process / regulation of protein complex stability / MutLalpha complex binding / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of type I interferon production / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / DNA duplex unwinding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA metabolic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / : / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / DNA damage checkpoint signaling / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hsiao, Y.Y. / Huang, K.W. / Wu, C.Y.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Molecular insight into the specific enzymatic properties of TREX1 revealing the diverse functions in processing RNA and DNA/RNA hybrids.
著者: Huang, K.W. / Wu, C.Y. / Toh, S.I. / Liu, T.C. / Tu, C.I. / Lin, Y.H. / Cheng, A.J. / Kao, Y.T. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hch.cif.gz	519 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hch.ent.gz	432.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/8hch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hccC 8hcdC 8hceC 8hcfC 8hcgC 5ywsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Three-prime repair exonuclease 1

B: Three-prime repair exonuclease 1

C: Three-prime repair exonuclease 1

D: Three-prime repair exonuclease 1

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Three-prime repair exonuclease 1

D: Three-prime repair exonuclease 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer
55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Three-prime repair exonuclease 1

B: Three-prime repair exonuclease 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.632, 81.149, 93.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 分子量: 27447.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350, 0.2% w/v Cytidine, 0.2% w/v Inosine, 0.2% w/v Ribavirin, 0.2% w/v Thymidine, 0.2% w/v Uridine, 0.1M Imidazole, 0.1M MES monohydrate (acid), pH6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 66457 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 1.448 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 285244

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.9	0.495	3283	0.725	0.28	0.572	0.692	99.6
2.03-2.07	3.8	0.453	3286	0.817	0.265	0.528	0.912	99.3
2.07-2.11	3.8	0.392	3304	0.793	0.225	0.454	0.838	99.3
2.11-2.15	4	0.319	3269	0.882	0.177	0.366	0.785	99.7
2.15-2.2	4.1	0.291	3346	0.902	0.161	0.334	0.824	99.5
2.2-2.25	3.8	0.292	3336	0.877	0.168	0.338	1.138	99.4
2.25-2.31	4.1	0.233	3242	0.93	0.128	0.268	1.043	99.3
2.31-2.37	4.4	0.189	3336	0.967	0.1	0.214	0.946	100
2.37-2.44	4.4	0.172	3323	0.972	0.091	0.195	1.003	99.9
2.44-2.52	4.5	0.144	3350	0.979	0.076	0.163	1.091	99.9
2.52-2.61	4.5	0.12	3337	0.985	0.063	0.136	1.195	99.9
2.61-2.71	4.5	0.111	3333	0.985	0.059	0.126	1.443	99.9
2.71-2.84	4.5	0.089	3329	0.992	0.046	0.1	1.429	99.9
2.84-2.99	4.6	0.074	3309	0.994	0.038	0.084	1.586	99.9
2.99-3.17	4.6	0.06	3341	0.996	0.031	0.068	1.891	99.8
3.17-3.42	4.6	0.05	3343	0.998	0.026	0.057	1.98	99.7
3.42-3.76	4.5	0.045	3342	0.998	0.023	0.051	2.29	99.4
3.76-4.31	4.6	0.04	3316	0.998	0.021	0.046	2.268	99.5
4.31-5.42	4.5	0.04	3368	0.997	0.021	0.046	2.416	99.5
5.42-30	4.1	0.038	3364	0.997	0.022	0.044	2.552	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YWS

5yws

解像度: 2→24.69 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	5114	7.72 %
R_work	0.187	61161	-
obs	0.1901	66275	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 179.55 Å² / B_iso mean: 46.4932 Å² / B_iso min: 18.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→24.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6757	0	140	438	7335
B_iso mean	-	-	45.56	45.58	-
残基数	-	-	-	-	873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.02	0.2838	182	0.2556	1999	2181	100
2.02-2.05	0.279	173	0.2547	2040	2213	100
2.05-2.07	0.3088	168	0.2529	2005	2173	99
2.07-2.1	0.281	183	0.2433	2001	2184	99
2.1-2.13	0.2506	156	0.2321	2058	2214	100
2.13-2.15	0.2621	183	0.2122	1991	2174	100
2.15-2.19	0.2546	170	0.2165	2042	2212	100
2.19-2.22	0.2568	171	0.2215	2028	2199	100
2.22-2.25	0.2602	184	0.2306	2045	2229	99
2.25-2.29	0.2507	169	0.2105	1998	2167	99
2.29-2.33	0.2599	168	0.2084	2034	2202	100
2.33-2.37	0.252	158	0.1998	2051	2209	100
2.37-2.42	0.2215	150	0.2122	2055	2205	100
2.42-2.47	0.2393	170	0.2042	2034	2204	100
2.47-2.52	0.2757	177	0.2009	2049	2226	100
2.52-2.58	0.2497	174	0.1978	2034	2208	100
2.58-2.64	0.2333	153	0.1872	2055	2208	100
2.64-2.71	0.2588	175	0.2003	2050	2225	100
2.71-2.79	0.2349	155	0.2092	2056	2211	100
2.79-2.88	0.2594	158	0.1978	2040	2198	100
2.88-2.99	0.2355	165	0.2036	2050	2215	100
2.99-3.11	0.2203	213	0.1894	2025	2238	100
3.11-3.25	0.2588	152	0.1991	2055	2207	100
3.25-3.42	0.2281	176	0.1856	2039	2215	100
3.42-3.63	0.2479	171	0.1788	2032	2203	99
3.63-3.91	0.1823	171	0.1645	2070	2241	100
3.91-4.3	0.1915	188	0.1499	2006	2194	100
4.3-4.92	0.176	157	0.1391	2084	2241	100
4.92-6.18	0.1986	176	0.1756	2074	2250	99
6.18-24.69	0.2245	168	0.1829	2061	2229	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.4128 Å / Origin y: -16.9027 Å / Origin z: 24.6255 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2201 Å²	-0.0067 Å²	0.0016 Å²	-	0.2107 Å²	0.0379 Å²	-	-	0.2206 Å²
L	0.1123 °²	-0.0871 °²	-0.0507 °²	-	0.5799 °²	0.4761 °²	-	-	0.3433 °²
S	-0.0392 Å °	0.0035 Å °	0.0043 Å °	-0.0538 Å °	0.0326 Å °	0.0374 Å °	-0.0394 Å °	0.0071 Å °	0.0057 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	10 - 234
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	10 - 234
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	10 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	10 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 4
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 438
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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