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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hbb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Caenorhabditis elegans NMAD-1 in complex with ligand III | ||||||
![]() | DNA N6-methyl adenine demethylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NMAD-1A / GENE REGULATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA N6-methyladenine demethylase activity / DNA N6-methyladenine demethylase / positive regulation of egg-laying behavior / positive regulation of fertilization / meiotic chromosome condensation / contractile ring / positive regulation of chromosome organization / demethylation / positive regulation of meiosis I / broad specificity oxidative DNA demethylase activity ...DNA N6-methyladenine demethylase activity / DNA N6-methyladenine demethylase / positive regulation of egg-laying behavior / positive regulation of fertilization / meiotic chromosome condensation / contractile ring / positive regulation of chromosome organization / demethylation / positive regulation of meiosis I / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / demethylase activity / actomyosin structure organization / positive regulation of double-strand break repair / actin binding / midbody / DNA replication / oxidoreductase activity / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shang, G. / Chen, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Nucleic Acid Recognition and 6mA Demethylation by Caenorhabditis elegans NMAD-1A. 著者: Shang, G. / Yang, M. / Li, M. / Ma, L. / Liu, Y. / Ma, J. / Chen, Y. / Wang, X. / Fan, S. / Xie, M. / Wu, W. / Dai, S. / Chen, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hazC ![]() 8hb2C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33220.957 Da / 分子数: 4 / 変異: E109K, Q112K, Q114K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: nmad-1, F09F7.7 / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.35 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 4000, 100 mM Na Caco pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 35949 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.959 / Net I/σ(I): 14.84 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.15 Å / Num. unique obs: 26900 / CC1/2: 0.959 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.09→47.18 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 28.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.09→47.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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