ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.5 精密化 XDSデータ削減 XDSデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 8HB1解像度 : 2.64→19.61 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.946 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.931 / SU B : 43.559 / SU ML : 0.404 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R Free : 0.397 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.27456 934 10.3 % RANDOM Rwork 0.2294 - - - obs 0.2339 8168 98.89 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.9 Å / 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.3 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 103.385 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 10.64 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -4.23 Å2 0 Å2 3- - - -6.41 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.64→19.61 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 2111 154 0 2265
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.01 0.011 2600 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.003 0.02 1039 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.749 1.269 3935 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.677 2.909 2513 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.104 0.2 426 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.012 0.02 1361 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 580 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.5 7.03 2600 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_other2.5 7.03 2601 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_other4.045 10.561 3936 X-RAY DIFFRACTION r_long_range_B_refined9.374 10101 X-RAY DIFFRACTION r_long_range_B_other9.374 10102
LS精密化 シェル 解像度 : 2.642→2.71 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.529 66 - Rwork 0.547 557 - obs - - 92.3 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.4776 -1.9641 1.3342 11.9889 -2.3379 7.193 -0.2364 -0.03 0.3217 -0.795 0.0432 -0.0058 -0.0602 0.0002 0.1932 0.2654 -0.0748 -0.1146 0.0363 0.0402 0.0924 -2.18 0.244 -41.634 2 2.3872 1.2511 -1.5301 12.1638 -2.6044 8.0228 -0.136 0.1871 0.1112 0.6163 -0.1656 -0.3599 -0.1141 0.0092 0.3017 0.1929 0.0012 0.0624 0.0277 0.0421 0.1016 1.528 -0.305 -15.4
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 55 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B0 - 55