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- PDB-8hb5: Crystal structure of Mincle in complex with HD-275 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hb5
タイトルCrystal structure of Mincle in complex with HD-275
要素C-type lectin domain family 4 member E
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity / C-type lectin receptors / Mycobacterium leprae
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / glycolipid binding / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / defense response to bacterium ...Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / glycolipid binding / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L6N / C-type lectin domain family 4 member E
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ishizuka, S. / Nagae, M. / Yamasaki, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00505 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06575 日本
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: PGL-III, a Rare Intermediate of Mycobacterium leprae Phenolic Glycolipid Biosynthesis, Is a Potent Mincle Ligand.
著者: Ishizuka, S. / van Dijk, J.H.M. / Kawakita, T. / Miyamoto, Y. / Maeda, Y. / Goto, M. / Le Calvez, G. / Groot, L.M. / Witte, M.D. / Minnaard, A.J. / van der Marel, G.A. / Ato, M. / Nagae, M. / ...著者: Ishizuka, S. / van Dijk, J.H.M. / Kawakita, T. / Miyamoto, Y. / Maeda, Y. / Goto, M. / Le Calvez, G. / Groot, L.M. / Witte, M.D. / Minnaard, A.J. / van der Marel, G.A. / Ato, M. / Nagae, M. / Codee, J.D.C. / Yamasaki, S.
履歴
登録2022年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7585
ポリマ－17,4441
非ポリマー3144
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.515, 97.515, 46.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 4 member E


分子量: 17443.527 Da / 分子数: 1 / 変異: I174T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CLEC4E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BHM0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-L6N / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(methoxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M immidazole (pH 8.0), 0.2M sodium acetate trihydrate, 10% PEG8,000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
1951N
2951N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-1A11.0344
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A21
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 4M1PIXEL2022年6月4日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2022年6月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(1 1 1)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si (1 1 1)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03441
211
反射解像度: 2.6→48.76 Å / Num. obs: 8053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 50.3 % / Biso Wilson estimate: 47.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.379 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 50.5 % / Rmerge(I) obs: 3.705 / Num. unique obs: 8053 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.53 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZRW

4zrw


解像度: 2.6→48.76 Å / SU ML: 0.3322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.8575
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3356 422 5.24 %
Rwork0.2956 7631 -
obs0.2977 8053 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 16 3 1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00241242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52741685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0374175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1774155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.980.35911240.3492508X-RAY DIFFRACTION99.77
2.98-3.750.32861500.29942521X-RAY DIFFRACTION100
3.75-48.760.33271480.28012602X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.4932986743 Å / Origin y: -36.0251419166 Å / Origin z: 2.45773564601 Å
111213212223313233
T0.199623709961 Å2-0.0433676605767 Å20.0258991888874 Å2-0.326458290373 Å20.0292466545628 Å2--0.240580845433 Å2
L2.61170384142 °20.0435322214761 °20.156321219889 °2-3.35296573143 °2-0.0875690460847 °2--2.9881279136 °2
S-0.192726074349 Å °-0.17620172657 Å °-0.0766288999637 Å °0.144518071227 Å °0.213462549414 Å °0.16734857929 Å °0.215874180203 Å °-0.469060010666 Å °-0.0237268847356 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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