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- PDB-8hb2: Crystal structure of Caenorhabditis elegans NMAD-1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hb2
タイトルCrystal structure of Caenorhabditis elegans NMAD-1 in complex with ligand II
要素DNA N6-methyl adenine demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NMAD-1A / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of egg-laying behavior / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / positive regulation of fertilization / meiotic chromosome condensation / contractile ring / demethylation / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of meiosis I / broad specificity oxidative DNA demethylase activity ...positive regulation of egg-laying behavior / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / positive regulation of fertilization / meiotic chromosome condensation / contractile ring / demethylation / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of meiosis I / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / actomyosin structure organization / positive regulation of double-strand break repair / midbody / DNA replication / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homologue 4 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / DNA N6-methyl adenine demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Shang, G. / Chen, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Structural Basis of Nucleic Acid Recognition and 6mA Demethylation by Caenorhabditis elegans NMAD-1A.
著者: Shang, G. / Yang, M. / Li, M. / Ma, L. / Liu, Y. / Ma, J. / Chen, Y. / Wang, X. / Fan, S. / Xie, M. / Wu, W. / Dai, S. / Chen, Z.
履歴
登録2022年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA N6-methyl adenine demethylase
B: DNA N6-methyl adenine demethylase
C: DNA N6-methyl adenine demethylase
D: DNA N6-methyl adenine demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,94810
ポリマ－140,4374
非ポリマー5126
水52229
1
A: DNA N6-methyl adenine demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1642
ポリマ－35,1091
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA N6-methyl adenine demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3103
ポリマ－35,1091
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA N6-methyl adenine demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3103
ポリマ－35,1091
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA N6-methyl adenine demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1642
ポリマ－35,1091
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.237, 75.386, 117.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
DNA N6-methyl adenine demethylase / N6-methyl adenine demethylase 1


分子量: 35109.125 Da / 分子数: 4 / 変異: E109K, Q112K, Q114K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: nmad-1, F09F7.7 / 発現宿主: prokaryote coculture (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8MNT9, DNA N6-methyladenine demethylase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 25% PEG 4000, 100 mM MES pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→30.25 Å / Num. obs: 26508 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.06→3.23 Å / Num. unique obs: 26508 / CC1/2: 0.997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.06→30.19 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2957 1305 4.93 %
Rwork0.2745 --
obs0.2888 26487 95.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→30.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7919 0 24 29 7972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38210957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6212935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1061219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.180.39041500.40992880X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.330.39041530.3772909X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.50.3521030.33611908X-RAY DIFFRACTION66
3.5-3.720.34571470.32772889X-RAY DIFFRACTION99
3.72-4.010.31451700.30712873X-RAY DIFFRACTION99
4.01-4.410.24341420.2582921X-RAY DIFFRACTION100
4.41-5.050.27151480.24642912X-RAY DIFFRACTION100
5.05-6.350.28241510.27972948X-RAY DIFFRACTION100
6.35-30.190.2471410.25142942X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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