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万見
- PDB-8has: NARROW LEAF 1-close from Japonica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8has
タイトルNARROW LEAF 1-close from Japonica
要素Protein NARROW LEAF 1
キーワードSURFACTANT PROTEIN / Rice / panicle shape / photosynthetic efficiency / auxin transport
機能・相同性stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein NARROW LEAF 1
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDA24020103-2 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NARROW LEAF 1-close from Japonica
著者: Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein NARROW LEAF 1
B: Protein NARROW LEAF 1
C: Protein NARROW LEAF 1
D: Protein NARROW LEAF 1
E: Protein NARROW LEAF 1
F: Protein NARROW LEAF 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,95012
ポリマ－379,9076
非ポリマー3,0436
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Protein NARROW LEAF 1 / Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / ...Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / Protein SPIKELET NUMBER


分子量: 63317.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: NAL1, GFP, LSCHL4, SPIKE, Os04g0615000, LOC_Os04g52479, OsJ_16147
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XT64
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NARROW LEAF 1-close from Japonica / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 379.51 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grid was coated with gold prior to use / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Vitrification carried out in Ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 0.972 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3770

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.0.2粒子像選択cryoSPARC Blob picker was used to automatically select particle images.
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.0.2CTF補正
7cryoSPARC4.0.2モデルフィッティング
9cryoSPARC4.0.2モデル精密化
10cryoSPARC4.0.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.0.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.0.2分類
13cryoSPARC4.0.2３次元再構成
20PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: The selected images were high-pass filtered and normalized
CTF補正詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4503713
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 670053 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: The version 4.0.2 of the cryoSPARC program was used for the reconstruction
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 153.3 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / 詳細: Initial local fitting was done using ChimeraX
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00216785
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58522775
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4882286
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442588
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042968

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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