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- PDB-8hac: A novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hac
タイトルA novel dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo
要素ATPase ASNA1 homolog
キーワードCHAPERONE / Get3 / ArsA2 / ArsA1 / TRC40 / tail-anchored / post-translational pathway / diatom
機能・相同性
機能・相同性情報


GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATPase ASNA1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Chang, H.Y. / Ko, T.P.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2024
タイトル: A distinct dimer configuration of a diatom Get3 forming a tetrameric complex with its tail-anchored membrane cargo.
著者: Chen, C.C. / Huang, Y.R. / Chan, Y.T. / Lin, H.Y. / Lin, H.J. / Hsiao, C.D. / Ko, T.P. / Lin, T.W. / Lan, Y.H. / Lin, H.Y. / Chang, H.Y.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase ASNA1 homolog
B: ATPase ASNA1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5776
ポリマ－77,6742
非ポリマー9034
水11,385632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area28800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.297, 125.212, 120.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-567-

HOH

21A-712-

HOH

31A-734-

HOH

41B-843-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid 6 through 401)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEUPROPROAA6 - 3446 - 344
d_12ADPADPADPADPAC400
d_21LEULEUPROPROBB6 - 3446 - 344
d_22ADPADPADPADPBE400

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.989357795723, 0.0995026866367, -0.10616198658), (0.0865293736108, -0.184228290163, -0.979067211486), (-0.116977859209, -0.97783390842, 0.173657789918)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.989357795723, 0.0995026866367, -0.10616198658), (0.0865293736108, -0.184228290163, -0.979067211486), (-0.116977859209, -0.97783390842, 0.173657789918)
ベクター: 31.0542611279, -1.12053659388, 1.18835278792)

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要素

#1: タンパク質 ATPase ASNA1 homolog / get3 / Arsenical pump-driving ATPase homolog / Arsenite-stimulated ATPase


分子量: 38836.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ADP, magnesium ion
由来: (組換発現) Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1 (珪藻)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7G933, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.085M sodium acetate, pH 4.7, 0.25M ammonium acetate, 18.5% glycerol, 0.25M sodium bromide, with 24.5% polyethylene glycol (PEG) 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→30 Å / Num. obs: 32898 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 38.7
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.644 / Num. unique obs: 3227

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-20001.13_2998データ収集
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WOJ

2woj


解像度: 2.32→24.7 Å / SU ML: 0.2603 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 1592 5 %
Rwork0.1929 30230 -
obs0.1955 31822 94.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→24.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 0 56 632 5780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00395246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78547116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005915
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.15961944
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.00542746166 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.390.30311050.24892001X-RAY DIFFRACTION70.39
2.39-2.480.29631380.23592616X-RAY DIFFRACTION91.31
2.48-2.580.27961470.23562781X-RAY DIFFRACTION97.47
2.58-2.70.25621490.22722835X-RAY DIFFRACTION98.55
2.7-2.840.34581490.22062833X-RAY DIFFRACTION98.64
2.84-3.020.2621490.21522831X-RAY DIFFRACTION98.48
3.02-3.250.2541490.21342827X-RAY DIFFRACTION98.48
3.25-3.570.25761510.17832867X-RAY DIFFRACTION98.79
3.57-4.090.21411510.16182870X-RAY DIFFRACTION98.89
4.09-5.140.19241520.15882884X-RAY DIFFRACTION98.25
5.14-24.70.22481520.18682885X-RAY DIFFRACTION94.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.025566102020.4781213048922.170870659843.493979610190.7901685776842.032582194030.373109735963-0.350455766946-0.4514046631180.2563531539420.013189605646-1.199412895750.7860769173890.3817077307920.1058404190920.2799339364890.09104466063690.05381509009840.231850193215-0.07075252231360.55000205661236.9410966844-8.53758697461-21.2989079213
20.6294666234630.6998922693180.7821779630131.885962496861.449300987951.1138327905-0.0840755086495-0.464099408136-0.2811507749290.9673737314330.403322192393-0.6143593234840.6649621901830.3177756453930.08372145383130.4301424648190.0919975731322-0.1089706075430.4755417281240.02645981619210.3791735681333.66703539013.6584838001-9.54467818812
31.14035269766-0.565730603937-0.3111718133984.37456969312.035523080651.211792265050.0727639631274-0.1408205273070.220577480721-0.259594776246-0.0820454879171-0.215748447202-0.2076674842210.138903026029-0.009569437854790.245187574033-0.01407480986020.03710369335940.2170206594280.001777916703620.18756497426127.928937754914.7713711186-17.7420018495
42.675800523162.903995925810.5434294901163.674061081631.304110791561.122367410610.0602928910784-0.0225974721692-0.65674406617-0.111121251806-0.0012811450634-0.4634879136090.18300611119-0.1123407644890.02598312328910.3885746798210.07001296547220.1005073670680.306380964471-0.0295700212290.4201856851423.7202435782-20.8622942014-31.4273076595
54.401398142521.616369239630.2831886550361.330582544640.6110908541213.566408734870.0886719357886-0.599884701440.03144062152110.353681879532-0.4048185212880.574134374659-0.126247016072-0.54543566943-0.05338169005290.1518109606260.06850372238910.09869624559840.306973744471-0.1911537396940.307363840816-3.9432801970225.29549133221.72112822418
60.653686138070.108886412561-0.3885103408151.155956920141.462879769141.95589011267-0.0744118046935-0.386664440856-0.2966941192860.449245381227-0.1665352457540.4908038124930.483591758624-0.23149540542-0.004134418618520.2877732283230.005628086885040.08241384365280.385627535066-0.02292834313120.325910339965-1.1033807453910.3642741598-8.10999981375
73.27506412571.14563875556-0.5319749847711.91274046881-1.386468297651.05309279985-0.4262666325860.219588010092-0.302393107349-0.231152114059-0.1013337472940.3327131210390.4882894881620.600348889781-0.1553482720360.2928335924990.0983963756427-0.0687375706750.278621670097-0.01815025911060.28717232660311.174097587310.8995861361-26.2044295539
85.11919773909-0.3993049027270.3596461717814.85804621102-0.2909413013984.70968448709-0.1077739335990.385680857579-0.461695691567-0.396027868106-0.02904823502980.552888389740.0732606310818-0.23321462066-0.4339305351120.108290340044-0.0477603852631-0.09140789620670.202469686641-0.04374536689380.07654918936161.42370045147.12024143946-26.5633142401
92.76730930375-0.1433994403330.3261787734952.31257340426-0.9201687541142.42467341449-0.300454894872-0.4115492190390.210384890189-0.0614159344162-0.2761841685650.351144403673-0.7006141779530.462337893569-0.902905871330.1975707409210.03374833026380.03311290042960.0297579029785-0.3857130855870.04265682418616.7261491547531.9216824818-1.64680071465
100.5803553604490.566962665151.48018751221.015113144291.744802195243.7387010826-0.0909393664682-0.226778307648-0.01911668333310.0923269381251-0.0253039349683-0.0477892075259-0.277072365659-0.311726888629-0.003545021880810.4274804828180.02505479522810.006552490525390.345355130387-0.1236823280660.337076075289.7744959778835.964487139515.5304040626
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 66 )AA6 - 661 - 61
22chain 'A' and (resid 67 through 148 )AA67 - 14862 - 129
33chain 'A' and (resid 149 through 249 )AA149 - 249130 - 230
44chain 'A' and (resid 250 through 344 )AA250 - 344231 - 325
55chain 'B' and (resid 4 through 66 )BD4 - 661 - 63
66chain 'B' and (resid 67 through 148 )BD67 - 14864 - 131
77chain 'B' and (resid 149 through 184 )BD149 - 184132 - 167
88chain 'B' and (resid 185 through 218 )BD185 - 218168 - 201
99chain 'B' and (resid 219 through 268 )BD219 - 268202 - 251
1010chain 'B' and (resid 269 through 344 )BD269 - 344252 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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