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万見
- PDB-8h9h: Crystal structure of ZBTB7A in complex with GACCC-containing sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h9h
タイトルCrystal structure of ZBTB7A in complex with GACCC-containing sequence
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*T)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ZBTB7A / primed to naive transition / transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation ...regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA-dependent protein kinase complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of glycolytic process / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / nuclear androgen receptor binding / histone acetyltransferase binding / erythrocyte maturation / SMAD binding / fat cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / protein localization to nucleus / B cell differentiation / transcription corepressor binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromatin organization / site of double-strand break / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: ZBTB7A regulates primed-to-naive transition of pluripotent stem cells via recognition of the PNT-associated sequence by zinc fingers 1-2 and recognition of gamma-globin -200 gene ...タイトル: ZBTB7A regulates primed-to-naive transition of pluripotent stem cells via recognition of the PNT-associated sequence by zinc fingers 1-2 and recognition of gamma-globin -200 gene element by zinc fingers 1-4.
著者: Yang, Y. / Xiao, L. / Xue, Y. / Idris, M.O. / Liu, J. / Pei, D. / Shi, Y. / Liao, B. / Li, F.
履歴
登録2022年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*T)-3')
G: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
F: Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4468
ポリマ－28,1844
非ポリマー2624
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.542, 63.542, 201.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*T)-3')


分子量: 3984.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*CP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*T)-3')


分子量: 3957.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 7A / Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 ...Factor binding IST protein 1 / FBI-1 / Factor that binds to inducer of short transcripts protein 1 / HIV-1 1st-binding protein 1 / Leukemia/lymphoma-related factor / POZ and Krueppel erythroid myeloid ontogenic factor / POK erythroid myeloid ontogenic factor / Pokemon / Pokemon 1 / TTF-I-interacting peptide 21 / TIP21 / Zinc finger protein 857A


分子量: 10120.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB7A, FBI1, LRF, ZBTB7, ZNF857A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O95365
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.3 Å / Num. obs: 23116 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36 % / Biso Wilson estimate: 59.71 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.27372.1374078311020.7320.352.1662.3100
9.07-48.323.60.09559732530.9940.0190.09733.499.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.9データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EYI

7eyi


解像度: 2.2→48.3 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1206 5.22 %
Rwork0.2239 21910 -
obs0.226 23116 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 182.04 Å2 / Biso mean: 83.6559 Å2 / Biso min: 38.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数868 530 4 23 1425
Biso mean--88.42 60.37 -
残基数----132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.290.36991280.342724242552
2.29-2.390.35691390.290224362575
2.39-2.520.30021220.300924462568
2.52-2.680.42321140.348224642578
2.68-2.880.36841490.311624202569
2.88-3.170.29381610.270624132574
3.17-3.630.24931260.227424212547
3.63-4.580.24891210.177724622583
4.58-48.30.2081460.188624242570
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4237-1.8871.75944.86661.33689.2213-0.27450.0583-0.3461-0.41030.15480.44240.1869-0.47670.06680.62980.0279-0.06210.5449-0.14770.79274.447618.6573-6.9015
26.0242-1.10680.75674.3723-0.86226.96360.2355-0.28130.6149-0.0111-0.05411.4242-0.8157-0.9459-0.06680.620.0332-0.02290.6213-0.21250.81930.922418.6281-6.5193
34.8674-0.3131-1.32214.6158-3.01525.2745-0.0424-0.0268-0.0442-0.06330.129-0.03080.23750.0693-0.0780.39350.0352-0.01920.3482-0.08950.465211.78668.724-4.6282
49.2871-5.457-5.97463.71814.29956.1071-0.3493-0.70470.65240.85440.0676-0.03110.3942-0.71110.23620.57270.0792-0.04180.7322-0.24670.57252.186220.858.4338
58.4248-4.8665-1.83153.72882.56747.01440.3570.5510.0331-0.5539-0.2946-0.52590.64120.04420.02040.70390.11340.07510.7813-0.18670.9002-11.963330.2546-4.4341
69.6781-2.25821.89683.16823.76717.1654-0.96720.3220.2721-0.13781.0263-1.6114-0.93821.69720.30071.2332-0.17920.35491.2326-0.0961.625124.25546.724-2.4677
71.1601-1.39452.67946.6464-0.99937.1817-0.40860.30740.1425-0.32871.1876-1.15671.45162.7115-0.65611.213-0.2267-0.20472.0387-0.3711.556227.394114.0095-0.0044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 12 )A0 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 0 through 12 )B0 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 380 through 410 )G380 - 410
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 411 through 433 )G411 - 433
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 434 through 460 )G434 - 460
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 436 through 449 )F436 - 449
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 450 through 460 )F450 - 460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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