PDB-8h8n: Crystal structure of apo-R52Y/E56Y/R59Y/E63Y-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h8n

タイトル

Crystal structure of apo-R52Y/E56Y/R59Y/E63Y-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Hishikawa, Y. / Noya, H. / Maity, B. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Elucidating Conformational Dynamics and Thermostability of Designed Aromatic Clusters by Using Protein Cages.
著者: Hishikawa, Y. / Noya, H. / Nagatoishi, S. / Yoshidome, T. / Maity, B. / Tsumoto, K. / Abe, S. / Ueno, T.

履歴

登録	2022年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h8n.cif.gz	62 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h8n.ent.gz	43.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h8n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h8lC 8h8mC 8h8oC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
507 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.877, 181.877, 181.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- CD
2	1	A-205- CD
3	1	A-206- CD
4	1	A-210- CD
5	1	A-467- HOH
6	1	A-520- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19952.510 Da / 分子数: 1 / 変異: R52Y,E56Y,R59Y,E63Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulphate, Cadmium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→19.852 Å / Num. obs: 41696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 30.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2076 / CC_1/2: 0.957

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DAT

1dat

解像度: 1.5→19.852 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 0.901 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.178	2063	4.977 %
R_work	0.1596	39390	-
all	0.16	-	-
obs	-	41453	99.329 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1387	0	22	242	1651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.639	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.597	1.582	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.808	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.813	22.604	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.115	15	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.088	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.157	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	723
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.362	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.131	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.08	0.95	734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.08	0.953	735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.738	1.423	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.739	1.422	927
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.946	1.135	837
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.939	1.13	834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.86	1.636	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.862	1.624	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.408	12.719	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.998	11.716	1829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.256	140	0.2	2898	X-RAY DIFFRACTION	99.7701
1.539-1.581	0.191	157	0.183	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.8645
1.581-1.627	0.177	146	0.183	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.7567
1.627-1.677	0.204	161	0.17	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.8196
1.677-1.732	0.186	129	0.169	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.8152
1.732-1.793	0.17	137	0.166	2491	X-RAY DIFFRACTION	99.848
1.793-1.861	0.168	140	0.163	2367	X-RAY DIFFRACTION	99.4052
1.861-1.936	0.202	121	0.168	2282	X-RAY DIFFRACTION	98.6858
1.936-2.023	0.159	123	0.157	2218	X-RAY DIFFRACTION	98.8181
2.023-2.121	0.155	85	0.146	2157	X-RAY DIFFRACTION	99.5118
2.121-2.236	0.19	96	0.14	1999	X-RAY DIFFRACTION	98.0346
2.236-2.371	0.157	87	0.144	1931	X-RAY DIFFRACTION	98.4871
2.371-2.535	0.196	96	0.138	1821	X-RAY DIFFRACTION	99.4295
2.535-2.738	0.169	80	0.139	1721	X-RAY DIFFRACTION	99.7231
2.738-2.999	0.15	93	0.14	1562	X-RAY DIFFRACTION	99.3397
2.999-3.353	0.166	74	0.153	1437	X-RAY DIFFRACTION	99.6045
3.353-3.871	0.143	65	0.152	1306	X-RAY DIFFRACTION	99.8543
3.871-4.739	0.187	59	0.147	1101	X-RAY DIFFRACTION	98.8075
4.739-6.696	0.27	41	0.218	892	X-RAY DIFFRACTION	99.6795
6.696-19.852	0.184	33	0.228	515	X-RAY DIFFRACTION	93.8356

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