PDB-8h8m: Crystal structure of apo-E53F/E57F/E60F/E64F-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h8m

タイトル

Crystal structure of apo-E53F/E57F/E60F/E64F-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Hishikawa, Y. / Noya, H. / Maity, B. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Elucidating Conformational Dynamics and Thermostability of Designed Aromatic Clusters by Using Protein Cages.
著者: Hishikawa, Y. / Noya, H. / Nagatoishi, S. / Yoshidome, T. / Maity, B. / Tsumoto, K. / Abe, S. / Ueno, T.

履歴

登録	2022年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h8m.cif.gz	61.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h8m.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h8lC 8h8nC 8h8oC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
506 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.108, 181.108, 181.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- CD
2	1	A-205- CD
3	1	A-206- CD
4	1	A-508- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19916.590 Da / 分子数: 1 / 変異: E53F,E57F,E60F,E64F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 245分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulphate, Cadmium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20.257 Å / Num. obs: 41145 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2008 / CC_1/2: 0.896

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DAT

1dat

解像度: 1.5→20.257 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.968 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1762	2087	5.086 %
R_work	0.1592	38949	-
all	0.16	-	-
obs	-	41036	99.65 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.257 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1378	0	22	233	1633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.907	1.636	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.604	1.579	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.784	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.906	22.02	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.148	15	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.648	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.453	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.332	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.453	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.353	1.067	725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.314	1.062	724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.108	1.593	914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.111	1.598	915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.418	1.322	823
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.397	1.315	820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.752	1.888	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.753	1.875	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.801	14.177	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.49	13.007	1789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.252	157	0.211	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.9668
1.539-1.581	0.209	121	0.201	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.223	128	0.188	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.9648
1.627-1.677	0.184	151	0.179	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.732	0.2	145	0.17	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.223	148	0.163	2422	X-RAY DIFFRACTION	99.9222
1.793-1.861	0.193	110	0.161	2404	X-RAY DIFFRACTION	99.9205
1.861-1.937	0.24	121	0.16	2281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-2.023	0.18	129	0.163	2197	X-RAY DIFFRACTION	99.8283
2.023-2.122	0.14	122	0.143	2089	X-RAY DIFFRACTION	99.8194
2.122-2.236	0.165	107	0.139	2015	X-RAY DIFFRACTION	99.6244
2.236-2.372	0.142	101	0.131	1899	X-RAY DIFFRACTION	99.1572
2.372-2.535	0.19	77	0.141	1789	X-RAY DIFFRACTION	99.2026
2.535-2.738	0.143	94	0.131	1679	X-RAY DIFFRACTION	98.8846
2.738-3	0.135	76	0.146	1566	X-RAY DIFFRACTION	99.3345
3-3.353	0.184	78	0.152	1410	X-RAY DIFFRACTION	99.5984
3.353-3.871	0.184	74	0.158	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.4807
3.871-4.74	0.146	61	0.141	1094	X-RAY DIFFRACTION	99.4832
4.74-6.696	0.178	58	0.201	861	X-RAY DIFFRACTION	99.4589
6.696-20.257	0.176	29	0.226	520	X-RAY DIFFRACTION	94.1681

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関連情報:EMDBヘッダ

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