PDB-8h8l: Crystal structure of apo-R52F/E56F/R59F/E63F-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h8l

タイトル

Crystal structure of apo-R52F/E56F/R59F/E63F-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / ferrous iron binding / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Hishikawa, Y. / Noya, H. / Maity, B. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Elucidating Conformational Dynamics and Thermostability of Designed Aromatic Clusters by Using Protein Cages.
著者: Hishikawa, Y. / Noya, H. / Nagatoishi, S. / Yoshidome, T. / Maity, B. / Tsumoto, K. / Abe, S. / Ueno, T.

履歴

登録	2022年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h8l.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h8l.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h8l_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h8l_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	8h8l_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	8h8l_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h8mC 8h8nC 8h8oC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
509 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.310, 181.310, 181.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- CD
2	1	A-203- CD
3	1	A-204- CD
4	1	A-467- HOH
5	1	A-520- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19888.508 Da / 分子数: 1 / 変異: R52F,E56F,R59F,E63F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulphate, Cadmium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20.279 Å / Num. obs: 41282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2010 / CC_1/2: 0.951

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DAT

1dat

解像度: 1.5→20.279 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.152 / WR_factor R_work: 0.141 / SU B: 0.873 / SU ML: 0.033 / Average fsc free: 0.9628 / Average fsc work: 0.9666 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1712	2051	4.979 %
R_work	0.1564	39142	-
all	0.157	-	-
obs	-	41193	99.724 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.481 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.279 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1386	0	20	241	1647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.886	1.635	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.617	1.581	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.789	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.957	22.784	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.784	15	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.012	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.158	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.377	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.148	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.113	0.877	731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.108	0.877	731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.835	1.31	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.837	1.315	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.839	1.05	822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.805	1.042	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.754	1.506	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.749	1.491	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.094	11.808	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.529	10.608	1791

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.263	141	0.189	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.9666
1.539-1.581	0.178	152	0.182	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.175	147	0.17	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9649
1.627-1.677	0.164	161	0.163	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.9278
1.677-1.732	0.188	128	0.163	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.177	127	0.157	2452	X-RAY DIFFRACTION	99.9612
1.793-1.861	0.167	142	0.154	2365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.861-1.937	0.197	129	0.162	2276	X-RAY DIFFRACTION	99.3802
1.937-2.023	0.178	114	0.161	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.8286
2.023-2.122	0.159	88	0.144	2144	X-RAY DIFFRACTION	99.8658
2.122-2.236	0.168	97	0.14	2010	X-RAY DIFFRACTION	99.1529
2.236-2.372	0.164	93	0.14	1924	X-RAY DIFFRACTION	99.7034
2.372-2.536	0.203	89	0.135	1809	X-RAY DIFFRACTION	99.7373
2.536-2.739	0.148	82	0.129	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.8886
2.739-3	0.129	91	0.137	1559	X-RAY DIFFRACTION	99.8789
3-3.353	0.166	73	0.156	1428	X-RAY DIFFRACTION	99.8669
3.353-3.872	0.142	65	0.156	1283	X-RAY DIFFRACTION	99.7041
3.872-4.74	0.183	59	0.149	1088	X-RAY DIFFRACTION	99.0501
4.74-6.697	0.201	40	0.224	888	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
6.697-20.279	0.181	33	0.203	516	X-RAY DIFFRACTION	94.0069

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