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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h81 | ||||||
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タイトル | Trans-3/4-proline-hydroxylase H11 with 4-Hydroxyl-proline | ||||||
![]() | Phytanoyl-CoA dioxygenase | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / L-proline / Trans / Hydroxylase / AKG / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding / 4-HYDROXYPROLINE / Phytanoyl-CoA dioxygenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gong, W.M. / Hu, X.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of L-proline trans-hydroxylase reveal the catalytic specificity and provide deeper insight into AKG-dependent hydroxylation. 著者: Hu, X. / Huang, X. / Liu, J. / Zheng, P. / Gong, W. / Yang, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 746.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 750 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29867.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HYP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.13 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.7M Sodium citrate tribasic dihydrate and 0.1M Bis-Tris propane (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→75.29 Å / Num. obs: 36880 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.4 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.843 / Net I/σ(I): 152.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 25.1 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique obs: 1801 / CC1/2: 0.97 / CC star: 0.992 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.54 / Χ2: 0.46 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LNS ![]() 6lns 解像度: 1.84→24.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.308 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.04 Å2 / Biso mean: 36.834 Å2 / Biso min: 14.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.84→24.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.888 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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