+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8h85 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Trans-3/4-proline-hydroxylase H11 with 3-hydroxyl-proline | |||||||||
![]() | Phytanoyl-CoA dioxygenase | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / L-proline / Trans / Hydroxylase / AKG / HYDROLASE | |||||||||
Function / homology | phytanoyl-CoA dioxygenase activity / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / metal ion binding / 3-HYDROXYPROLINE / Phytanoyl-CoA dioxygenase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gong, W.M. / Hu, X.Y. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structures of L-proline trans-hydroxylase reveal the catalytic specificity and provide deeper insight into AKG-dependent hydroxylation. Authors: Hu, X. / Huang, X. / Liu, J. / Zheng, P. / Gong, W. / Yang, L. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 92.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 807.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 812.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8h7tC ![]() 8h7vC ![]() 8h7yC ![]() 8h81C ![]() 6lns S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 30108.789 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-HY3 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.71 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.7M Sodium citrate tribasic dihydrate and 0.1M Bis-Tris propane (pH 7.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.38→50 Å / Num. obs: 17231 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.72 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 217057 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6LNS ![]() 6lns Resolution: 2.38→32.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 9.857 / SU ML: 0.109 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.165 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 150.23 Å2 / Biso mean: 49.303 Å2 / Biso min: 19.76 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.38→32.82 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.385→2.446 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -20.2313 Å / Origin y: 5.4531 Å / Origin z: -9.4102 Å
|