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- PDB-8h7h: The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h7h
タイトルThe crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with abl1-A-EBA
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / Complex / inhibitor / lysine
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation ...: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation / activation of protein kinase C activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / regulation of modification of synaptic structure / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of extracellular matrix organization / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / mitochondrial depolarization / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / regulation of cell motility / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / syntaxin binding / alpha-beta T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / regulation of T cell differentiation / regulation of axon extension / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Myogenesis / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of focal adhesion assembly / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / neuromuscular process controlling balance / regulation of endocytosis / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of long-term synaptic potentiation / actin monomer binding / endothelial cell migration / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of T cell migration / canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cell adhesion / BMP signaling pathway / mismatch repair / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / four-way junction DNA binding / positive regulation of vasoconstriction / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / ruffle / positive regulation of establishment of T cell polarity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of endothelial cell migration / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of mitotic cell cycle / SH2 domain binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / post-embryonic development / thymus development / regulation of autophagy / neural tube closure / establishment of localization in cell / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QH9 / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27789711576 Å
データ登録者Zhu, C.J. / Zhang, Z.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: 2-Ethynylbenzaldehyde-Based, Lysine-Targeting Irreversible Covalent Inhibitors for Protein Kinases and Nonkinases.
著者: Chen, P. / Tang, G. / Zhu, C. / Sun, J. / Wang, X. / Xiang, M. / Huang, H. / Wang, W. / Li, L. / Zhang, Z.M. / Gao, L. / Yao, S.Q.
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0204
ポリマ－64,1252
非ポリマー8952
水8,539474
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5102
ポリマ－32,0631
非ポリマー4471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5102
ポリマ－32,0631
非ポリマー4471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.766, 104.777, 133.014
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-884-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 32062.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-QH9 / 5-[3-(6-methoxyisoquinolin-7-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-N-methyl-N-prop-2-ynyl-pyridine-3-carboxamide


分子量: 447.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H21N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES (pH 7.0) and 4% v/v 1,3-propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 34902 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 34902 / CC1/2: 0.983

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7W7Y

7w7y


解像度: 2.27789711576→26.19425 Å / SU ML: 0.22645577164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36209744713 / 位相誤差: 20.6252877236
Rfactor反射数%反射
Rfree0.220547655789 1981 5.675892499 %
Rwork0.182442800513 32921 -
obs0.184642829412 34902 94.1795515259 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.6573189228 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27789711576→26.19425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4263 0 0 474 4737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003012203617494377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7011032973325951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0276778235447632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00253164278745746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.29382076011578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2779-2.33480.245913230435550.199816862808917X-RAY DIFFRACTION37.5
2.3348-2.39790.2769357012761460.201081545912427X-RAY DIFFRACTION99.6514329977
2.3979-2.46840.2310834566891490.1923895950382486X-RAY DIFFRACTION99.8106060606
2.4684-2.5480.2643510095341480.1962395462252456X-RAY DIFFRACTION99.9616122841
2.548-2.6390.2626542830661460.1957611930412436X-RAY DIFFRACTION99.8839458414
2.639-2.74460.2489789905581480.196193623962475X-RAY DIFFRACTION99.847735059
2.7446-2.86930.2355723608831490.2034349595062477X-RAY DIFFRACTION99.9238964992
2.8693-3.02040.2417909052571490.1918803601952477X-RAY DIFFRACTION99.8858881704
3.0204-3.20930.2230155694891500.1882274061672489X-RAY DIFFRACTION99.9242711094
3.2093-3.45660.2043872197191470.1760424354792483X-RAY DIFFRACTION99.7345468335
3.4566-3.80350.1936870232531510.1626791357632512X-RAY DIFFRACTION99.6631736527
3.8035-4.35170.1768900479061520.1595399753432504X-RAY DIFFRACTION99.141470698
4.3517-5.47450.1866449559041510.1669828709512462X-RAY DIFFRACTION96.7777777778
5.4745-26.19410.2211743300211400.1817912635992320X-RAY DIFFRACTION86.5892291447
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26353669342-0.7323724461730.04466656354230.502642185909-0.1000416677440.8808452906410.08754671562850.1871879443750.0268097427391-0.162889960301-0.164048727439-0.266486228143-0.02530926978970.2491581636660.03198792815480.16191369636-0.031345102723-0.006508613831220.2518661237440.1134389221550.31937534961.0155214767922.7085032333-19.9183067206
20.1984813506760.0533799722883-0.07226157022030.63591114254-0.1873617827380.7484755368760.001038199344670.0704667504970.1438355043590.0788257988317-0.108663304958-0.147277026339-0.0950423574140.06918173509180.02183885716270.112161284485-0.0124331088992-0.05091117865310.08956350126160.0767714199550.105280395439-13.024757707819.1260780068-9.93251907861
30.9018586892220.008208956913190.2648116112761.26286414501-0.04379118048990.617346622189-0.00775723412448-0.1437052509360.1048402608530.2000741591850.04926985648810.206419624720.0248725751203-0.285394656282-0.003657309757180.06077140179-0.006432952697060.002917439631870.1082103863560.02118265107530.0773034883881-27.802554273616.1761697832-8.70786299172
40.22392783380.3423964194340.2339478756130.5248007194320.3595603883920.252815762470.02763564323580.211026391503-0.504401182146-0.151810819547-0.09991152648050.1786446078150.268375560425-0.01732314775420.03098644534350.7491661921130.00310311384665-0.02591765020120.525795453552-0.132859704910.674465607223-13.314031425214.9719618429-56.6217573938
51.148210929920.09653041558380.3313844173721.178941524831.300371111892.24200221929-0.07970763486310.329017446879-0.449674655222-0.290473168335-0.02572110900350.1079633978640.442734645203-0.1867950437480.09611874941970.581143319740.04969300780690.1128659922150.295041793786-0.08733616611680.398983331285-8.5411662414617.9524586947-53.9614616568
61.310432856780.0872092402823-0.4954609773850.6727753802-0.2909691533991.11043568774-0.05624795743530.170433264231-0.166418683825-0.2729847682850.0240448550355-0.01369081683020.28791942633-0.0670591601252-0.01709392451370.2035121261840.05780232799420.01758486789070.1834760967970.0714658632110.157317436164-13.96191590529.6571537581-42.5569651621
70.1934343253380.126075495392-0.1846822299920.284559319905-0.09560467662310.1944750323850.08096658299740.2998542000670.0508700856895-0.391567354392-0.0632923319076-0.151905062231-0.074191763728-0.04897781155570.01827062453920.2771908158520.1588315973530.1348677961810.3009723563070.241046557022-0.0309694713046-11.065473238742.579699629-53.6595004819
80.258563874633-0.3288551022620.3487167275820.709435154652-0.516260012510.6615342455810.06571031070680.03898298408730.114436457110.0684693514058-0.0311548549359-0.138095843019-0.0862257654823-0.0737341327638-0.001787855028280.1070979736890.1291316386710.01474385864640.153157619530.1692368935490.201512467772-10.527559286646.2329003292-38.9579591645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 232 through 311 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 312 through 400 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 401 through 500 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 232 through 255 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 256 through 312 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 313 through 379 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 380 through 453 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 454 through 500 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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