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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h7c | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T) - Pt derivative | ||||||||||||
![]() | De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4 | ||||||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Binary patterned library / De novo enzyme / Dimeric 4-helix bundle / Ferric enterobactin esterase | ||||||||||||
機能・相同性 | ACETATE ION / TETRACHLOROPLATINATE(II) / : ![]() | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Hecht, M.H. / Arai, R. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and activity of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4. 著者: Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Sperling, B. / Liao, G. / Hecht, M.H. / Arai, R. #1: ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2018 タイトル: A de novo enzyme catalyzes a life-sustaining reaction in Escherichia coli. 著者: Donnelly, A.E. / Murphy, G.S. / Digianantonio, K.M. / Hecht, M.H. #2: ジャーナル: Protein Sci / 年: 2015 タイトル: Divergent evolution of a bifunctional de novo protein. 著者: Smith, B.A. / Mularz, A.E. / Hecht, M.H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h7dC ![]() 8h7eC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 12481.063 Da / 分子数: 2 / 変異: K4T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: synF4 / プラスミド: pCA24N / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 45分子 ![](data/chem/img/PT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PC4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PC4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PT / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 化合物 | ChemComp-PC4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.44 % / 解説: Plate-like crystal |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 0.1M Tris, 0.2M ammonium acetate, 8% PEG 3350 (soaking in 10mM K2PtCl4 for 1 day) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日 / 詳細: Focusing Mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 10257 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 119496 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.7 Å2 / Biso mean: 35.834 Å2 / Biso min: 10.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.151→2.207 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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