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- PDB-8h7c: Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin estera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h7c
タイトルCrystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T) - Pt derivative
要素De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Binary patterned library / De novo enzyme / Dimeric 4-helix bundle / Ferric enterobactin esterase
機能・相同性酢酸塩 / TETRACHLOROPLATINATE(II) / :
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Hecht, M.H. / Arai, R.
資金援助 日本, 米国, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H02522, JP17KK0104, JP16K05841, JP16H00761, JP24780097 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)Invitational Fellowship S18035 日本
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1947720 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and activity of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4.
著者: Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Sperling, B. / Liao, G. / Hecht, M.H. / Arai, R.
#1: ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2018
タイトル: A de novo enzyme catalyzes a life-sustaining reaction in Escherichia coli.
著者: Donnelly, A.E. / Murphy, G.S. / Digianantonio, K.M. / Hecht, M.H.
#2: ジャーナル: Protein Sci / 年: 2015
タイトル: Divergent evolution of a bifunctional de novo protein.
著者: Smith, B.A. / Mularz, A.E. / Hecht, M.H.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4
B: De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5896
ポリマ－24,9622
非ポリマー6264
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Dimer, light scattering, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.986, 61.468, 128.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4


分子量: 12481.063 Da / 分子数: 2 / 変異: K4T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: synF4 / プラスミド: pCA24N / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: iron(III)-enterobactin esterase

-
非ポリマー , 5種, 45分子

#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PC4 / TETRACHLOROPLATINATE(II)


分子量: 336.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl4Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.44 % / 解説: Plate-like crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 0.1M Tris, 0.2M ammonium acetate, 8% PEG 3350 (soaking in 10mM K2PtCl4 for 1 day)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.073, 1.069, 1.045
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日 / 詳細: Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0731
21.0691
31.0451
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 10257 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 119496
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.197.80.53750.9220.1740.5320.93371.6
2.19-2.2380.5563990.8940.1890.591.01377.3
2.23-2.279.10.5344400.9180.1750.5641.0182.7
2.27-2.329.20.4924510.9290.1610.520.99786.2
2.32-2.379.50.3544970.9760.1140.3731.01294.1
2.37-2.4210.50.3855150.9630.1210.4051.00696.6
2.42-2.4811.40.3885090.9740.1170.4060.98698.8
2.48-2.5512.20.3335410.9810.0980.3471.01299.6
2.55-2.6212.60.2855300.9850.0830.2971.02399.8
2.62-2.7112.60.2795180.9840.0810.291.007100
2.71-2.8112.60.2025590.9910.0590.211.029100
2.81-2.9212.60.175110.9960.0490.1771.015100
2.92-3.0512.90.1435360.9960.0410.1491.014100
3.05-3.2113.30.1295440.9970.0360.1341.001100
3.21-3.4113.20.0885310.9980.0250.0920.988100
3.41-3.6812.50.0695410.9990.020.0710.942100
3.68-4.0512.60.0545430.9990.0160.0570.955100
4.05-4.6313.30.0485470.9990.0130.0490.876100
4.63-5.8312.10.0455580.9990.0130.0470.812100
5.83-5011.80.03561210.0110.0370.734100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.865 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.4453 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 464 4.9 %RANDOM
Rwork0.2327 ---
obs0.2347 8975 88.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.7 Å2 / Biso mean: 35.834 Å2 / Biso min: 10.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1576 0 11 41 1628
Biso mean--29.55 30.8 -
残基数----182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2651.8992224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92633593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2065184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.71124.234111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18615303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6451514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02460
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 17 -
Rwork0.269 369 -
all-386 -
obs--49.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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