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- PDB-8h7e: Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin estera... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8h7e | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T) at 2.0 angstrom resolution | ||||||||||||
![]() | De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4 | ||||||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Binary patterned library / De novo enzyme / Dimeric 4-helix bundle / Ferric enterobactin esterase | ||||||||||||
Function / homology | ACETATE ION![]() | ||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Hecht, M.H. / Arai, R. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure and activity of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4. Authors: Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Sperling, B. / Liao, G. / Hecht, M.H. / Arai, R. #1: Journal: Nat Chem Biol / Year: 2018 Title: A de novo enzyme catalyzes a life-sustaining reaction in Escherichia coli. Authors: Donnelly, A.E. / Murphy, G.S. / Digianantonio, K.M. / Hecht, M.H. #2: Journal: Protein Sci / Year: 2015 Title: Divergent evolution of a bifunctional de novo protein. Authors: Smith, B.A. / Mularz, A.E. / Hecht, M.H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 55.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 38.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 451.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8h7cSC ![]() 8h7dC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 12481.063 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K4T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Gene: synF4 / Plasmid: pCA24N / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.73 % / Description: Plate-like crystal |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.9 Details: 0.1M Tris, 0.2M ammonium acetate, 15% PEG 3350 (After crystallization, ferric enterobactin was added.) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2019 / Details: Focusing Mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 12201 / % possible obs: 88.3 % / Redundancy: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 141588 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8H7C Resolution: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.242 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.875 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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