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- PDB-8h6s: Structure of acyltransferase VinK in complex with the loading acy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h6s
タイトルStructure of acyltransferase VinK in complex with the loading acyl carrier protein of vicenistatin PKS
要素
  • Malonyl-CoA-[acyl-carrier-protein] transacylase
  • Polyketide synthase modules 1-3
キーワードTRANSFERASE / acyl carrier protein / polyketide synthase / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / zinc ion binding ...[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / VinK acyltransferase small domain / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain ...: / VinK acyltransferase small domain / Quinone oxidoreductase/zeta-crystallin, conserved site / Quinone oxidoreductase / zeta-crystallin signature. / : / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Zinc-binding dehydrogenase / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EF / Polyketide synthase modules 1-3 / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces halstedii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kawada, K. / Miyanaga, A. / Chisuga, T. / Kudo, F. / Eguchi, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02911 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K07747 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Transient Interactions of Acyltransferase VinK with the Loading Acyl Carrier Protein of the Vicenistatin Modular Polyketide Synthase.
著者: Miyanaga, A. / Kawada, K. / Chisuga, T. / Kudo, F. / Eguchi, T.
履歴
登録2022年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl-CoA-[acyl-carrier-protein] transacylase
B: Malonyl-CoA-[acyl-carrier-protein] transacylase
C: Polyketide synthase modules 1-3
D: Polyketide synthase modules 1-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5818
ポリマ－105,7664
非ポリマー8154
水21612
1
A: Malonyl-CoA-[acyl-carrier-protein] transacylase
C: Polyketide synthase modules 1-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2914
ポリマ－52,8832
非ポリマー4082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Malonyl-CoA-[acyl-carrier-protein] transacylase
D: Polyketide synthase modules 1-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2914
ポリマ－52,8832
非ポリマー4082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.363, 90.626, 113.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A19 - 317
2010B19 - 317
1020C13 - 106
2020D13 - 106

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Malonyl-CoA-[acyl-carrier-protein] transacylase


分子量: 38170.211 Da / 分子数: 2 / 変異: S106C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces halstedii (バクテリア)
遺伝子: vinK / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76KY5
#2: タンパク質 Polyketide synthase modules 1-3


分子量: 14712.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces halstedii (バクテリア)
遺伝子: vinP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76KY0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-9EF / N-[2-(acetylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 383.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 35.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, Tris-HCl, and D-glucose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 16764 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.992 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2385 / CC1/2: 0.735 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CZD

5czd


解像度: 3→46.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 27.672 / SU ML: 0.462 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2682 814 4.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.2129 15908 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.81 Å2 / Biso mean: 64.029 Å2 / Biso min: 23.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.81 Å20 Å20 Å2
2---5.91 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→46.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6051 0 50 12 6113
Biso mean--73.35 36.81 -
残基数----781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.6558463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7481.5813419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3065775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.04220.171351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.26515977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6991565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021405
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A90210.06
12B90210.06
21C28700.08
22D28700.08
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 40 -
Rwork0.342 1159 -
all-1199 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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