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- PDB-8h56: Crystal structure of Rep' of porcine circovirus type 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h56
タイトルCrystal structure of Rep' of porcine circovirus type 2
要素Isoform Rep' of Replication-associated protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Replication / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle single-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / endonuclease activity / DNA replication / RNA helicase activity / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity ...rolling circle single-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / endonuclease activity / DNA replication / RNA helicase activity / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative viral replication protein / : / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine circovirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Guan, S.Y. / Song, Y.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972658 中国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the dimerized of porcine circovirus type II replication-related protein Rep'.
著者: Guan, S. / Tian, A. / Jing, H. / Yuan, H. / Jia, H. / Shi, Y. / Chen, H. / Cao, S. / Peng, G. / Song, Y.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Rep' of Replication-associated protein
B: Isoform Rep' of Replication-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6862
ポリマ－42,6862
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.120, 73.120, 133.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Isoform Rep' of Replication-associated protein / ATP-dependent helicase Rep / RepP


分子量: 21343.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porcine circovirus 2 (ウイルス) / 遺伝子: Rep, ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8BB16, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'- ...参照: UniProt: Q8BB16, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.1M Sodium chloride, 1.5 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→57.24 Å / Num. obs: 18281 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.444 / Num. unique obs: 1287

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XOR

5xor


解像度: 2.33→46 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2826 872 4.79 %
Rwork0.2527 17331 -
obs0.254 18203 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.07 Å2 / Biso mean: 47.4977 Å2 / Biso min: 13.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 0 73 2555
Biso mean---44.69 -
残基数----308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.480.28741390.28322798293798
2.48-2.670.30621350.282728542989100
2.67-2.940.29671370.273828823019100
2.94-3.360.28991740.267628563030100
3.36-4.230.27011410.232829233064100
4.24-460.27891460.24593018316499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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