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- PDB-8h4v: Mincle CRD complex with PGL trisaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h4v
タイトルMincle CRD complex with PGL trisaccharide
要素C-type lectin domain family 4 member E
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Immune receptor / Innate immunity / C-type lectin receptor / Mycobacterium leprae
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / glycolipid binding / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding ...Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / glycolipid binding / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 4 member E
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ishizuka, S. / Nagae, M. / Yamasaki, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00505 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06575 日本
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: PGL-III, a Rare Intermediate of Mycobacterium leprae Phenolic Glycolipid Biosynthesis, Is a Potent Mincle Ligand.
著者: Ishizuka, S. / van Dijk, J.H.M. / Kawakita, T. / Miyamoto, Y. / Maeda, Y. / Goto, M. / Le Calvez, G. / Groot, L.M. / Witte, M.D. / Minnaard, A.J. / van der Marel, G.A. / Ato, M. / Nagae, M. / ...著者: Ishizuka, S. / van Dijk, J.H.M. / Kawakita, T. / Miyamoto, Y. / Maeda, Y. / Goto, M. / Le Calvez, G. / Groot, L.M. / Witte, M.D. / Minnaard, A.J. / van der Marel, G.A. / Ato, M. / Nagae, M. / Codee, J.D.C. / Yamasaki, S.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member E
B: C-type lectin domain family 4 member E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,18510
ポリマ－34,8872
非ポリマー1,2988
水00
1
A: C-type lectin domain family 4 member E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0925
ポリマ－17,4441
非ポリマー6494
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
2
B: C-type lectin domain family 4 member E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0925
ポリマ－17,4441
非ポリマー6494
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.298, 75.298, 111.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Space group name HallP312(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: -y,-x,-z+2/3
#5: -x+y,y,-z+1/3
#6: x,x-y,-z

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 4 member E


分子量: 17443.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CLEC4E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BHM0
#2: 多糖 (2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(methoxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol-(1-4)-6-deoxy-2,3-di-O-methyl- ...(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(methoxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol-(1-4)-6-deoxy-2,3-di-O-methyl-alpha-L-mannopyranose-(1-2)-3-O-methyl-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 528.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][a-L-Rhap3Me]{[(2+1)][a-L-Rhap2Me3Me]{[(4+1)][b-D-Glcp6Me]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M imidazole (pH 7.5), 0.2M sodium acetate trihydrate, 10%(w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.36 Å / Num. obs: 14310 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.2 % / Biso Wilson estimate: 76.34 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 42.6 % / Rmerge(I) obs: 4.059 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 14310 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 0.627 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZRW

4zrw


解像度: 2.4→42.35 Å / SU ML: 0.4518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.398
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2886 710 4.96 %
Rwork0.2563 13600 -
obs0.2578 14310 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 96.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 78 0 2449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78623423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5924308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.590.46711310.39832717X-RAY DIFFRACTION99.96
2.59-2.850.42141360.35412691X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.260.33971390.32312714X-RAY DIFFRACTION99.69
3.26-4.10.30561340.27262691X-RAY DIFFRACTION98.26
4.1-42.350.25411700.21622787X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.8191781502 Å / Origin y: 5.54886933536 Å / Origin z: -17.9022935827 Å
111213212223313233
T0.432666225409 Å20.222064710961 Å2-0.0382470049943 Å2-0.82064775734 Å2-0.00854089113879 Å2--0.620770553949 Å2
L1.50036682895 °2-0.39926385748 °20.760714558254 °2-0.247139080983 °20.52338862864 °2--3.53023605438 °2
S0.158150545385 Å °0.703953907916 Å °0.369913392514 Å °-0.0733138759923 Å °-0.0521233598952 Å °-0.426639977524 Å °-0.113014071913 Å °0.350928943541 Å °-0.0833470199238 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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