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- PDB-8h4j: Crystal Structure of AzoR-FMN-Lyb24 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h4j
タイトルCrystal Structure of AzoR-FMN-Lyb24 complex
要素FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / AzoR
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1IE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Huang, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of AzoR-FMN-Lyb24 complex
著者: Huang, W.
履歴
登録2022年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
B: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
C: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
D: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
E: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
F: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
G: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
H: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,30924
ポリマ－182,2238
非ポリマー6,08616
水18,2311012
1
A: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
D: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0776
ポリマ－45,5562
非ポリマー1,5224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
2
B: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
E: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0776
ポリマ－45,5562
非ポリマー1,5224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
3
C: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
ヘテロ分子

H: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0776
ポリマ－45,5562
非ポリマー1,5224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
4
F: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
G: FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0776
ポリマ－45,5562
非ポリマー1,5224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.040, 160.110, 335.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z

-
要素

#1: タンパク質
FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase / FMN-dependent NADH-azoreductase


分子量: 22777.814 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 30684/NJST258_2 (肺炎桿菌)
遺伝子: azoR, KPNJ2_01278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: W8UQZ7, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体, FMN-dependent NADH-azoreductase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-1IE / ~{N}-(3-methylsulfanylphenyl)-4~{H}-cyclopenta[b]quinolin-9-amine


分子量: 304.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 128804 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 34.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06781 / Rpim(I) all: 0.01936 / Net I/σ(I): 24.27
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7897 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 12789 / CC1/2: 0.895 / Rpim(I) all: 0.2215 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DXP

6dxp


解像度: 2→44.06 Å / SU ML: 0.2113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6531
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 6385 4.96 %
Rwork0.1763 122401 -
obs0.178 128786 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12128 0 454 1012 13594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014612861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.626117533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09171994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01012272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.94184909
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.26582180.22234095X-RAY DIFFRACTION99.98
2.02-2.050.25242070.22093996X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.070.26281980.21814076X-RAY DIFFRACTION99.98
2.07-2.10.27351930.20584058X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.130.24762220.20144032X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.150.26462190.20354071X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.190.25282080.2074060X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.220.24951940.19954046X-RAY DIFFRACTION99.98
2.22-2.250.22862200.19564072X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.290.2472360.19454060X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.330.23611950.18784053X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.370.24562230.18874034X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.24222200.18964044X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.470.26542430.19254050X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.520.23562040.1854052X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.580.24172180.18644079X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.640.24012130.20114066X-RAY DIFFRACTION99.98
2.64-2.710.2332320.19164031X-RAY DIFFRACTION99.98
2.71-2.790.22721900.1884115X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.880.27131960.1944093X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.990.24532120.19114105X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.110.21092010.18014067X-RAY DIFFRACTION99.98
3.11-3.250.24811850.18484146X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.420.19341730.18324105X-RAY DIFFRACTION99.98
3.42-3.630.18892310.17314091X-RAY DIFFRACTION99.98
3.63-3.910.1992180.16164099X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.310.19622260.15184109X-RAY DIFFRACTION99.91
4.31-4.930.15732440.14124099X-RAY DIFFRACTION100
4.93-6.210.18052390.16614148X-RAY DIFFRACTION99.98
6.21-44.060.17712070.16294249X-RAY DIFFRACTION98.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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