[日本語] English
万見
- PDB-8h43: Crystal structure of PHF1 Tudor domain in complex with hit 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h43
タイトルCrystal structure of PHF1 Tudor domain in complex with hit 1
要素PHD finger protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated histone binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / PHD finger protein 1 / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. ...: / : / PHD finger protein 1 / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[(3S)-piperidin-3-yl]-1,3-benzoxazole / PHD finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, Y. / Ruan, K.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21874123 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32090040 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of PHF1 Tudor domain in complex with hit 1
著者: Liu, Y. / Ruan, K.
履歴
登録2022年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 1
B: PHD finger protein 1
C: PHD finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6466
ポリマ－21,0393
非ポリマー6073
水70339
1
A: PHD finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2152
ポリマ－7,0131
非ポリマー2021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHD finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2152
ポリマ－7,0131
非ポリマー2021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PHD finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2152
ポリマ－7,0131
非ポリマー2021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.718, 42.718, 401.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 1


分子量: 7012.993 Da / 分子数: 3 / 断片: Tudor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9PQZ5
#2: 化合物 ChemComp-1HI / 2-[(3S)-piperidin-3-yl]-1,3-benzoxazole


分子量: 202.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M sodium citrate, 2 M ammonium sulfate, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.99 Å / Num. obs: 10935 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 111123 / Scaling rejects: 479
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.399.70.9321078011090.8180.3130.9852.4100
8.61-36.996.90.11220763020.9910.0430.1223.599.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.7.7データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HCZ

4hcz


解像度: 2.3→19.921 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2889 523 4.85 %
Rwork0.2539 10254 -
obs0.2557 10777 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.05 Å2 / Biso mean: 68.8496 Å2 / Biso min: 27.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→19.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1309 0 45 39 1393
Biso mean--63.68 54.4 -
残基数----171
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3002-2.53130.35591440.30542435
2.5313-2.89660.35241150.29752491
2.8966-3.64580.27571390.26182543
3.6458-100.2731250.23572785
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4412-5.1139-5.69367.67638.41469.598-0.6486-0.1976-0.58590.1320.27580.0652-0.0111-0.33970.2030.6150.05960.10491.0579-0.08990.6519-4.82968.6384-22.0817
22.2412-0.7164-2.36262.02610.99096.07520.30370.7230.1275-0.17580.0817-0.221-0.69240.4347-0.48880.49930.0160.15190.6289-0.30970.52632.914914.1199-19.1361
33.9255-2.0825-2.09273.34720.43831.6285-0.12820.8164-0.7184-0.0294-0.15090.49220.155-0.53850.26560.6292-0.04520.11181.8319-0.9621.234826.44944.5904-22.0331
40.07350.08360.1410.10050.15940.27070.0875-0.10990.0502-0.15920.3085-0.4523-0.3530.75360.12930.583-0.36130.19041.22-0.76190.874619.838214.2509-25.7253
54.17012.9825-1.0356.9265-3.21053.0172-0.1167-0.0069-0.2883-0.42650.1119-0.4199-0.34821.1214-0.07840.788-0.14650.16791.3656-0.59950.874219.212612.5318-19.4584
63.4662-0.6068-2.93761.34171.21712.89190.13760.2621-0.0405-0.06240.2171-0.262-0.02140.56280.07030.4748-0.12710.23131.2719-0.72320.950319.63089.5919-25.3752
73.57242.459-0.19244.4537-0.02743.90970.39190.008-0.14460.611-0.1902-0.9292-0.49860.2462-0.21710.43840.0746-0.01780.3966-0.2430.64412.264611.099-2.3763
83.52082.2381-2.5356.1297-0.79022.18420.0269-0.3147-0.6850.6285-0.246-1.18340.2830.90770.19670.45920.0771-0.08810.5017-0.17680.68564.09547.86212.2705
96.58434.4839-3.79976.4747-3.12116.24350.7963-0.45480.06011.2242-0.2794-0.53150.20040.2856-0.47550.5144-0.0402-0.12910.4988-0.2490.6101-2.46465.46152.6647
104.29921.90011.79253.87272.08733.4340.11340.3444-0.63170.29180.0719-0.51520.00470.61990.1210.3679-0.1396-0.13260.7968-0.39410.71475.485113.5162-4.8252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 35 )A27 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 86 )A36 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 28 through 35 )B28 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 36 through 55 )B36 - 55
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 56 through 69 )B56 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 70 through 83 )B70 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 29 through 45 )C29 - 45
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 46 through 65 )C46 - 65
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 66 through 74 )C66 - 74
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 75 through 83 )C75 - 83

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る