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万見
- PDB-8h3z: Crystal structure of the effector-binding domain of the LysR-type... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h3z
タイトルCrystal structure of the effector-binding domain of the LysR-type trasncription factor NtcB from Anabaena PCC 7120
要素NtcB
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / LysR-type transcription factor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Nitrogen assimilation transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Han, S.J. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37020301, XDA24020302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171198 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA090070 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: DNA looping mediates cooperative transcription activation.
著者: Shu-Jing Han / Yong-Liang Jiang / Lin-Lin You / Li-Qiang Shen / Xiaoxian Wu / Feng Yang / Ning Cui / Wen-Wen Kong / Hui Sun / Ke Zhou / Hui-Chao Meng / Zhi-Peng Chen / Yuxing Chen / Yu Zhang / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Transcription factors respond to multilevel stimuli and co-occupy promoter regions of target genes to activate RNA polymerase (RNAP) in a cooperative manner. To decipher the molecular mechanism, here ...Transcription factors respond to multilevel stimuli and co-occupy promoter regions of target genes to activate RNA polymerase (RNAP) in a cooperative manner. To decipher the molecular mechanism, here we report two cryo-electron microscopy structures of Anabaena transcription activation complexes (TACs): NtcA-TAC composed of RNAP holoenzyme, promoter and a global activator NtcA, and NtcA-NtcB-TAC comprising an extra context-specific regulator, NtcB. Structural analysis showed that NtcA binding makes the promoter DNA bend by ∼50°, which facilitates RNAP to contact NtcB at the distal upstream NtcB box. The sequential binding of NtcA and NtcB induces looping back of promoter DNA towards RNAP, enabling the assembly of a fully activated TAC bound with two activators. Together with biochemical assays, we propose a 'DNA looping' mechanism of cooperative transcription activation in bacteria.
履歴
登録2022年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NtcB
B: NtcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,82227
ポリマ－51,6502
非ポリマー3,17325
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.697, 69.41, 114.31
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NtcB


分子量: 25824.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: ntcB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L3R4
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1M MES pH 6.2, 1M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 34980 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.89 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 3444 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 --RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-34980 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3183 0 25 102 3310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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