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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h3l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Double Mutant (T21I and E166V) in Complex with Inhibitor Enstrelvir | ||||||
![]() | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Lin, M. / Duan, Y. / Zhang, X. / Zhou, H. / Bian, Q. / Liu, X. / Rao, Z. / Yang, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanisms of SARS-CoV-2 resistance to nirmatrelvir. 著者: Duan, Y. / Zhou, H. / Liu, X. / Iketani, S. / Lin, M. / Zhang, X. / Bian, Q. / Wang, H. / Sun, H. / Hong, S.J. / Culbertson, B. / Mohri, H. / Luck, M.I. / Zhu, Y. / Liu, X. / Lu, Y. / Yang, X. ...著者: Duan, Y. / Zhou, H. / Liu, X. / Iketani, S. / Lin, M. / Zhang, X. / Bian, Q. / Wang, H. / Sun, H. / Hong, S.J. / Culbertson, B. / Mohri, H. / Luck, M.I. / Zhu, Y. / Liu, X. / Lu, Y. / Yang, X. / Yang, K. / Sabo, Y. / Chavez, A. / Goff, S.P. / Rao, Z. / Ho, D.D. / Yang, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h3gC ![]() 8h3kC ![]() 8h4yC ![]() 8h51C ![]() 8h57C ![]() 8h5fC ![]() 8h5pC ![]() 8h6iC ![]() 8h6nC ![]() 8h7kC ![]() 8h7wC ![]() 8h82C ![]() 8hbkC ![]() 7vu6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33807.617 Da / 分子数: 4 / 変異: T21I, E166V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-7YY / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% v/v Tacsimate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978642 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→44.64 Å / Num. obs: 49388 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.097 % / Biso Wilson estimate: 38.97 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 0.711 / Net I/σ(I): 7.55 / Num. measured all: 251742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7VU6 解像度: 2.3→44.64 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.48 / 位相誤差: 30.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.47 Å2 / Biso mean: 42.5572 Å2 / Biso min: 19.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→44.64 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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