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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h3g | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) E166V Mutant in Complex with Inhibitor Enstrelvir | ||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / methylation / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Lin, M. / Duan, Y. / Zhang, X. / Zhou, H. / Bian, Q. / Liu, X. / Rao, Z. / Yang, H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Molecular mechanisms of SARS-CoV-2 resistance to nirmatrelvir. 著者: Duan, Y. / Zhou, H. / Liu, X. / Iketani, S. / Lin, M. / Zhang, X. / Bian, Q. / Wang, H. / Sun, H. / Hong, S.J. / Culbertson, B. / Mohri, H. / Luck, M.I. / Zhu, Y. / Liu, X. / Lu, Y. / Yang, X. ...著者: Duan, Y. / Zhou, H. / Liu, X. / Iketani, S. / Lin, M. / Zhang, X. / Bian, Q. / Wang, H. / Sun, H. / Hong, S.J. / Culbertson, B. / Mohri, H. / Luck, M.I. / Zhu, Y. / Liu, X. / Lu, Y. / Yang, X. / Yang, K. / Sabo, Y. / Chavez, A. / Goff, S.P. / Rao, Z. / Ho, D.D. / Yang, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h3g.cif.gz | 260 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h3g.ent.gz | 207.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h3g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h3g_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h3g_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h3g_validation.xml.gz | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h3g_validation.cif.gz | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/8h3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/8h3g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h3kC 8h3lC 8h4yC 8h51C 8h57C 8h5fC 8h5pC 8h6iC 8h6nC 8h7kC 8h7wC 8h82C 8hbkC 7vu6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33795.562 Da / 分子数: 2 / 変異: E166V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC1, SARS coronavirus main proteinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Sodium formate, 0.1M BICINE pH 8.5, 20% w/v PEG monomethyl ether 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.978642 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978642 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.46→26.93 Å / Num. obs: 101380 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.02 % / Biso Wilson estimate: 19.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.834 / Net I/σ(I): 18.94 / Num. measured all: 711723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VU6 解像度: 1.46→26.93 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 16.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 181.39 Å2 / Biso mean: 29.2165 Å2 / Biso min: 13.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.46→26.93 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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